8tff

PorX with BeF3 phosphate analog

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tff
沉积日期 deposition_date	2023-07-11
结构标题 title	PorX with BeF3 phosphate analog
关键词 keywords	Type-IX secretion system, response regulator, alkaline phosphatase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.97 Å
零角强度 I(0) i0	202508000.00
分子量 molecular_weight	120070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152870 Å³
包络体积 envelope_volume	185390 Å³
水化壳体积 shell_volume	48447 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.25 Å
包络 Rg envelope_rg	30.71 Å
形状 Rg shape_rg	30.93 Å
总 Rg total_rg	31.80 Å
总原子数 total_atoms	8458
残基数 n_residues	1026
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	202500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9105
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.584
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.966

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Response regulator receiver protein
分子量 formula_weight	60522.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8884

GSHMDKIRILWVDDEIDLLKPHILFLEKKNYEVTTSNNGLDAIALFEEENFDIVFLDENMPGMSGLETLSEMKEKKSAIPMIMITKSEEEYIMEEAIGSKIADYLIKPVNPNQILLSLKKNLDDSRLITEKTTLDYQKEFRKISMELAMVNSYEDWVELYKKLLFWELKLEDINDQAMIEILESQKVEANSQFGKYIERNYEDWFAPKADKPIQSHNLFKELVVPEIKKKDKPILFVVIDNLRYDQWKSFETVISNYYKLEKEVPYFSILPTATQYARNAIFSGLMPLDMEKQFPQYWKNDVEDGGKNLYEAEFLSAQIKRLGLNIKEDYFKITNYAGGKKLAENFKALKGNDLVTVVYNFVDMLSHAKTEMEVVKELASDDKAYRSLTLSWFKNSPLLEIIQQAQLLGFKLILTTDHGTINVKNPSKVVGDKNTSLNLRYKTGRSLTYEQKDVYVVKEPKTIGLPAINMSSSFIFAKNDFFLAYVNNYNHYVSYYKNTYQHGGISLEEMIIPFLVFNPK

来源 Source

来源生物 organism	Flavobacterium johnsoniae UW101
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	376686
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	381

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.320 Å
晶胞边长 b length_b	97.518 Å
晶胞边长 c length_c	131.258 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.340 Å
最低分辨率 resolution_low	48.810 Å
R 因子 r_factor	0.1684
R_work r_work	0.1651
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/tf/8tff/8tff.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tf/8tff/8tff.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tf/8tff/8tff.dat

PorX with BeF3 phosphate analog

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction