8tft

Fab of O13-1 human IgG1 antibody bound to IgV domain of human TIM-3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tft
沉积日期 deposition_date	2023-07-11
结构标题 title	Fab of O13-1 human IgG1 antibody bound to IgV domain of human TIM-3
关键词 keywords	Fragment antigen binding, antibody, T-cell immunoglobulin mucin receptor 3 (TIM-3), IgV type domain, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.36 Å
零角强度 I(0) i0	219724000.00
分子量 molecular_weight	117660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146530 Å³
包络体积 envelope_volume	199070 Å³
水化壳体积 shell_volume	46988 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.60 Å
包络 Rg envelope_rg	37.28 Å
形状 Rg shape_rg	37.30 Å
总 Rg total_rg	37.78 Å
总原子数 total_atoms	8286
残基数 n_residues	1090
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	219700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8280
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.651
峰度 Kurtosis kurtosis	0.272
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.838

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	O-13-1 IgG1 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24018.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,H
原子数 atom_count	8313

EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSYGTYYGNYFEYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	O-13-1 IgG1 Fab light chain
分子量 formula_weight	22846.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,L

SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGDNIGGKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVLDRRSDHWLFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	T-cell immunoglobulin mucin receptor 3
分子量 formula_weight	12298.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

SEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNVVLRTDERDVNYWTSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	218.338 Å
晶胞边长 b length_b	69.785 Å
晶胞边长 c length_c	93.632 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	37.003 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2443
R_free r_free	0.2711

fit	/app/data/saxs_computation/tf/8tft/8tft.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tf/8tft/8tft.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tf/8tft/8tft.dat

Fab of O13-1 human IgG1 antibody bound to IgV domain of human TIM-3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)