8tic

Structure of human beta 1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 with compound 1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tic
沉积日期 deposition_date	2023-07-19
结构标题 title	Structure of human beta 1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 with compound 1
关键词 keywords	acetylglucosaminyltransferase, inhibitor, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.93 Å
零角强度 I(0) i0	358801000.00
分子量 molecular_weight	157780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	198640 Å³
包络体积 envelope_volume	260160 Å³
水化壳体积 shell_volume	55406 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.3 Å
壳层 Rg shell_rg	44.79 Å
包络 Rg envelope_rg	38.73 Å
形状 Rg shape_rg	38.92 Å
总 Rg total_rg	39.28 Å
总原子数 total_atoms	11132
残基数 n_residues	1306
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	358800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8782
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
分子量 formula_weight	46085.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.149
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11191

MSVGRRRIKLLGILMMANVFIYFIMEVSKSSSQEKNGKGEVIIPKEKFWKISTPPEAYWNREQEKLNRQYNPILSMLTNQTGEAGRLSNISHLNYCEPDLRVTSVVTGFNNLPDRFKDFLLYLRCRNYSLLIDQPDKCAKKPFLLLAIKSLTPHFARRQAIRESWGQESNAGNQTVVRVFLLGQTPPEDNHPDLSDMLKFESEKHQDILMWNYRDTFFNLSLKEVLFLRWVSTSCPDTEFVFKGDDDVFVNTHHILNYLNSLSKTKAKDLFIGDVIHNAGPHRDKKLKYYIPEVVYSGLYPPYAGGGGFLYSGHLALRLYHITDQVHLYPIDDVYTGMCLQKLGLVPEKHKGFRTFDIEEKNKNNICSYVDLMLVHSRKPQEMIDIWSQLQSAHLKC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-(2-methylpropyl)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazole-5-carboxylic acid
分子量 formula_weight	234.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	59

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.142 Å
晶胞边长 b length_b	92.394 Å
晶胞边长 c length_c	203.432 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.980 Å
R 因子 r_factor	0.2145
R_work r_work	0.2123
R_free r_free	0.2660

fit	/app/data/saxs_computation/ti/8tic/8tic.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ti/8tic/8tic.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ti/8tic/8tic.dat