8tnf

Crystal structure of sulfohexulose-1-phosphate aldolase from Paracoccus onubensis strain Merri

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 189.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tnf
沉积日期 deposition_date	2023-08-01
最后修订 last_revision	2024-08-07
结构标题 title	Crystal structure of sulfohexulose-1-phosphate aldolase from Paracoccus onubensis strain Merri
关键词 keywords	sulfohexulose-1-phosphate aldolase, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.99 Å
零角强度 I(0) i0	1205230000.00
分子量 molecular_weight	292090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	365760 Å³
包络体积 envelope_volume	516560 Å³
水化壳体积 shell_volume	75598 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.93 Å
包络 Rg envelope_rg	54.27 Å
形状 Rg shape_rg	55.99 Å
总 Rg total_rg	56.12 Å
总原子数 total_atoms	20600
残基数 n_residues	2663
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.9 Å
Rg (实空间) rg_real	56.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1204000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8301
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.271
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.847
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	108600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.709; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.867; Smooth: 0.793

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.663 Å
晶胞边长 b length_b	82.485 Å
晶胞边长 c length_c	144.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.05 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	97.42 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.880 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2368
R_free r_free	0.2816

描述 description	DUF2090 domain-containing protein
分子量 formula_weight	40151.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	21084

Crystal structure of sulfohexulose-1-phosphate aldolase from Paracoccus onubensis strain Merri

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Paracoccus onubensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1675788
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	484

fit	/app/data/saxs_computation/tn/8tnf/8tnf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tn/8tnf/8tnf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tn/8tnf/8tnf.dat