8to4

EGFR(T790M/V948R) in complex with the allosteric inhibitor FRF-06-057

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8to4
沉积日期 deposition_date	2023-08-02
结构标题 title	EGFR(T790M/V948R) in complex with the allosteric inhibitor FRF-06-057
关键词 keywords	kinase, inhibitor, cancer, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.76 Å
零角强度 I(0) i0	263481000.00
分子量 molecular_weight	133960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	168770 Å³
包络体积 envelope_volume	223640 Å³
水化壳体积 shell_volume	50591 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.91 Å
包络 Rg envelope_rg	36.66 Å
形状 Rg shape_rg	36.77 Å
总 Rg total_rg	37.15 Å
总原子数 total_atoms	9435
残基数 n_residues	1162
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	263500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6687
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.319
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.380
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.904

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Epidermal growth factor receptor
分子量 formula_weight	37479.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A,B,C
原子数 atom_count	9523

SGEAPNQALLRILKETEFKKIKVLGSGAFGTVYKGLWIPEGEKVKIPVAIKELREATSPKANKEILDEAYVMASVDNPHVCRLLGICLTSTVQLIMQLMPFGCLLDYVREHKDNIGSQYLLNWCVQIAKGMNYLEDRRLVHRDLAARNVLVKTPQHVKITDFGLAKLLGAEEKEYHAEGGKVPIKWMALESILHRIYTHQSDVWSYGVTVWELMTFGSKPYDGIPASEISSILEKGERLPQPPICTIDVYMIMRKCWMIDADSRPKFRELIIEFSKMARDPQRYLVIQGDERMHLPSPTDSNFYRALMDEEDMDDVVDADEYLIPQQG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2R)-2-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-phenyl-N-(1,3-thiazol-2-yl)acetamide
分子量 formula_weight	363.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	70

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.346 Å
晶胞边长 b length_b	103.109 Å
晶胞边长 c length_c	86.867 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	70.960 Å
R 因子 r_factor	0.1759
R_work r_work	0.1711
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/to/8to4/8to4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/to/8to4/8to4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/to/8to4/8to4.dat

EGFR(T790M/V948R) in complex with the allosteric inhibitor FRF-06-057

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction