SAXSdb — 8top

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8top
沉积日期 deposition_date	2023-08-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with antibody GPZ6-b.01 targeting the fusion peptide
关键词 keywords	HIV-1 Envelope, antibody, GPZ6-b.01, SHIV, BG505 DS-SOSIP, neutralization, immunization, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.12 Å
零角强度 I(0) i0	4473020000.00
分子量 molecular_weight	553840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	689090 Å³
包络体积 envelope_volume	1035300 Å³
水化壳体积 shell_volume	134810 Å³
包络直径 envelope_diameter	215.1 Å
壳层 Rg shell_rg	63.35 Å
包络 Rg envelope_rg	63.73 Å
形状 Rg shape_rg	65.02 Å
总 Rg total_rg	65.41 Å
总原子数 total_atoms	38838
残基数 n_residues	4683
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	238.8 Å
Rg (实空间) rg_real	65.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4800e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4470000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8347
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	69.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.501
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.082
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1048
最高正则化参数 α highest_alpha	285300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.672; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.829

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 BG505 DS-SOSIP gp120
分子量 formula_weight	54086.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,Q,S,A,C,E
原子数 atom_count	38845

AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	HIV-1 BG505 DS-SOSIP glycoprotein gp41
分子量 formula_weight	17146.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,R,T,B,D,F

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Heavy chain of antibody GPZ6-b.01
分子量 formula_weight	25294.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J,M,U,W,Y

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCAVYGSSISGGYFYWHWIRQAPGKGLEWIGDVYFSGTTGYNPSLKRRVRISADTSKNQFSLNLRSVTAADTAVYFCARDPRGGGWVPNRFDVWGAGVLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGSLTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYVCNVNHKPSNTKVDKRVEIKTCGGLEVLFQGP

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Light chain of antibody GPZ6-b.01
分子量 formula_weight	23162.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,N,V,X,Z

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDISSFLNWYQQKPGKAPKLLISSVNRLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTVSSLQPEDFATYSCQQCGSVPYTFGQGTTLEIKRTVAAPSVFIFPPSEDQVKSGTVSVVCLLNNFYPREASVKWKVDGALKTGNSQESVTEQDSKDNTYSLSSTLTLSSTEYQSHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	82

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.52 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	199205

fit	/app/data/saxs_computation/to/8top/8top.fit
pddf	/app/data/pr_computation/to/8top/8top.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/to/8top/8top.dat

Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with antibody GPZ6-b.01 targeting the fusion peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)