8tox

Cryo-EM structure of BG505 Env mutant A517E in complex with antibody ACS202 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 159.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tox
沉积日期 deposition_date	2023-08-04
结构标题 title	Cryo-EM structure of BG505 Env mutant A517E in complex with antibody ACS202 Fab
关键词 keywords	complex, viral antigen, antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN, IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN,IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.23 Å
零角强度 I(0) i0	1413020000.00
分子量 molecular_weight	308910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	385050 Å³
包络体积 envelope_volume	553550 Å³
水化壳体积 shell_volume	92408 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.3 Å
壳层 Rg shell_rg	54.19 Å
包络 Rg envelope_rg	48.51 Å
形状 Rg shape_rg	49.22 Å
总 Rg total_rg	49.47 Å
总原子数 total_atoms	21639
残基数 n_residues	2490
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4130e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1414000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8928
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.113
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.512
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	87710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.888

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp41
分子量 formula_weight	17134.4 kDa
突变 mutation	A517E, M535N, N543Q, T569G, I573F, R588E, D589V, S636G, N651F, K655I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,F
原子数 atom_count	22008

AVGIGEVFLGFLGAAGSTMGAASNTLTVQARQLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLGVWGFKQLQARVLAVERYLEVQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEIGNYTQIIYGLLEESQFQQEINEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	53262.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C,I

AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQICPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCKNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNIIVQFNTPVQINCTRPNNMTRKSIRIGPGQAFYALGDIIGDIRQPHCTVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIFFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRVGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVG

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	antibody ACS202 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25295.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,D,J

QVQLVESGGGVVQPGGSLRLSCAASGFAFKDFGMHWVRQAPGKGLEWVAVIGGGHGQHQSYSESVKGRFAITRDNEKNKLYLHMDRLRTEDTAVYYCAKDRLGRPWNIGGRLVYYYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	antibody ACS202 Fab light chain
分子量 formula_weight	23470.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,E,K

AIRMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDIKKSLNWYRQKPGKAPELLIHDASILQTGVPSAFTASGSGTHFSFVINKLQPEDVGTYFCQEYENLQFTFGPGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	33

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

Entity 7 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	369

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	635332

fit	/app/data/saxs_computation/to/8tox/8tox.fit
pddf	/app/data/pr_computation/to/8tox/8tox.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/to/8tox/8tox.dat

Cryo-EM structure of BG505 Env mutant A517E in complex with antibody ACS202 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)