8tp8

Structure of the C. crescentus WYL-activator, DriD, bound to ssDNA and cognate DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 145.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tp8
沉积日期 deposition_date	2023-08-04
结构标题 title	Structure of the C. crescentus WYL-activator, DriD, bound to ssDNA and cognate DNA
关键词 keywords	WYL motif, DriD, C. crescentus, DNA damage repair, ssDNA, transcription activation, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.80 Å
零角强度 I(0) i0	552466000.00
分子量 molecular_weight	169610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	202720 Å³
包络体积 envelope_volume	282640 Å³
水化壳体积 shell_volume	58630 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.4 Å
壳层 Rg shell_rg	45.26 Å
包络 Rg envelope_rg	40.43 Å
形状 Rg shape_rg	40.66 Å
总 Rg total_rg	41.38 Å
总原子数 total_atoms	11823
残基数 n_residues	1395
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	552400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8695
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.419
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.317
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.742

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DeoR-family transcriptional regulator
分子量 formula_weight	38037.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11931

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMRHEKATRLLDLARMLAGSAEGLTLDEMAAALGVGRRTAERMRDAVWAAFPQMEAIDDPPTKRFRIPSGLDGVFQTPTAEELAALRVAADSLRASGADARASSLYALEAKLLSALRGSARRRVAPDVEALVQAETIAVHAGPRPYEDQAVLGAIRAAIKGLQALSFRYEGGSTPGRTREVTPLGVLFGRSNYLVALEGKGGKPRSWRLDRMSDLKVLDKPAPPPQDFSLQAFADESFGIYHDEIQDVVLRIHKSRAEDALRWRFHATQQVTPEADGSVLVTFRAGGMRELSWHLFTWGDAVEIVAPQVLKDMMVQELREAGRAHGAW

来源 Source

来源生物 organism	Caulobacter vibrioides NA1000
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	565050
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPAPCPGPAPCPAPGPTPTPAPCPTPGPTPCPGPTPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6437.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	U,F

ATACGACAGTTACTGTCGTAT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPAPCPGPAPCPAPGPTPAPAPCPTPGPTPCPGPTPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6446.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	R,T

ATACGACAGTAACTGTCGTAT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	877.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L,Y,J,K

GTC

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	108

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.260 Å
晶胞边长 b length_b	178.941 Å
晶胞边长 c length_c	92.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.740 Å
最低分辨率 resolution_low	68.970 Å
R 因子 r_factor	0.1975
R_work r_work	0.1958
R_free r_free	0.2409

fit	/app/data/saxs_computation/tp/8tp8/8tp8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tp/8tp8/8tp8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tp/8tp8/8tp8.dat

Structure of the C. crescentus WYL-activator, DriD, bound to ssDNA and cognate DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)