SAXSdb — 8tq6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tq6
沉积日期 deposition_date	2023-08-06
结构标题 title	Crystal structure of Fab.B1.23.2 in complex with MHC-I (HLA-B*44:05)
关键词 keywords	;histocompatibility complex class I, MHC-I, immune response, immune system Fab, antibody, anti-MHC antibody, cancer tumor, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.27 Å
零角强度 I(0) i0	493527000.00
分子量 molecular_weight	177480.0 kDa
排除体积 excluded_volume	219510 Å³
包络体积 envelope_volume	319570 Å³
水化壳体积 shell_volume	60213 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.7 Å
壳层 Rg shell_rg	48.23 Å
包络 Rg envelope_rg	44.19 Å
形状 Rg shape_rg	45.27 Å
总 Rg total_rg	45.43 Å
总原子数 total_atoms	12516
残基数 n_residues	1607
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.8 Å
Rg (实空间) rg_real	45.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	493500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8881
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.265
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.627
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.707

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen B alpha chain (HLA-B*44:05)
分子量 formula_weight	31802.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12516

GSHSMRYFYTAMSRPGRGEPRFITVGYVDDTLFVRFDSDATSPRKEPRAPWIEQEGPEYWDRETQISKTNTQTYRENLRTALRYYNQSEAGSHIIQRMYGCDVGPDGRLLRGYDQYAYDGKDYIALNEDLSSWTAADTAAQITQRKWEAARVAEQDRAYLEGLCVESLRRYLENGKETLQRADPPKTHVTHHPISDHEVTLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	MHC class II antigen peptide
分子量 formula_weight	1090.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,P

EEFGRAFSF

Entity 4 polymer

描述 description	Fab B1.23.2 Heavy Chain
分子量 formula_weight	22719.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

VQLEQSGTVLARPGSSVKMSCKASGYSFTSYWMHWVKQRPGQGLEWIGAIYPGNSDATYNQKFKGKAKLTAVTSANTAYMELSSLTNEDSAVYYCTNYFDQWGQGTTLTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPAA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Fab B1.23.2 Light Chain
分子量 formula_weight	23660.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,L

TTVTQTPSSMYASLGERVTITCKASQDINSYLNWFQLKPGKSPKTLIYRANRLVDGVPSRFSGSGSGQDYSLTISSLEYEDMGIYYCLQYDELYTFGGGTKLEMKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.500 Å
晶胞边长 b length_b	92.840 Å
晶胞边长 c length_c	229.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	72.210 Å
R 因子 r_factor	0.2527
R_work r_work	0.2400
R_free r_free	0.2680

fit	/app/data/saxs_computation/tq/8tq6/8tq6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tq/8tq6/8tq6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tq/8tq6/8tq6.dat

Crystal structure of Fab.B1.23.2 in complex with MHC-I (HLA-B*44:05)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)