8tq8

Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 195.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tq8
沉积日期 deposition_date	2023-08-06
结构标题 title	Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd)
关键词 keywords	;histocompatibility complex class I, MHC-I, immune response, immune system Fab, antibody, anti-MHC antibody, cancer tumor, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.67 Å
零角强度 I(0) i0	486107000.00
分子量 molecular_weight	176390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	218010 Å³
包络体积 envelope_volume	333770 Å³
水化壳体积 shell_volume	56432 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.19 Å
包络 Rg envelope_rg	55.84 Å
形状 Rg shape_rg	55.64 Å
总 Rg total_rg	55.49 Å
总原子数 total_atoms	12435
残基数 n_residues	1603
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	195.7 Å
Rg (实空间) rg_real	55.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	485100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7522
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.637
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.154
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.608; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.615; Smooth: 0.336

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
分子量 formula_weight	31819.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12558

SHSLRYFVTAVSRPGFGEPRYMEVGYVDNTEFVRFDSDAENPRYEPRARWIEQEGPEYWERETRRAKGNEQSFRVDLRTALRYYNQSAGGSHTLQWMAGCDVESDGRLLRGYWQFAYDGCDYIALNEDLKTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAERDRAYLEGECVEWLRRYLKNGNATLLRTDPPKAHVTHHRRPEGDVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQEMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQKYTCHVEHEGLPEPLTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11704.4 kDa
突变 mutation	A85D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHDSMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Transmembrane protein gp41
分子量 formula_weight	1075.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,E

RGPGRAFVTI

Entity 4 polymer

描述 description	Fab.34.5.8 Heavy chain
分子量 formula_weight	23325.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,F

SVQLEESGPELGKPGASVKMSCTASGYAFTSYVMHWVMQKPGQGLEWIGYFNPYNDGAKYNAKFKGKATLTSDKSSNTAYMELSSLTSEDSTVYYCARAYFSKGPFAYWGQGTLVTVSAAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPV

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 5 polymer

描述 description	Fab.34.5.8 Light chain
分子量 formula_weight	24207.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,G

LISMTQTPASLAVSLGQRATISCRASESVDRHGNSFMHWYQQKPGQPPKLLIYRASNLDSGIPARFSGSGSRTDFTLTINPVEADDVATYYCQQSNEDPPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.087 Å
晶胞边长 b length_b	50.892 Å
晶胞边长 c length_c	224.825 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	87.090 Å
R 因子 r_factor	0.2085
R_work r_work	0.2009
R_free r_free	0.2425

fit	/app/data/saxs_computation/tq/8tq8/8tq8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tq/8tq8/8tq8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tq/8tq8/8tq8.dat

Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)