8tq9

Crystal structure of Fab.S19.8 in complex with MHC-I (H2-Dd)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tq9
沉积日期 deposition_date	2023-08-06
结构标题 title	Crystal structure of Fab.S19.8 in complex with MHC-I (H2-Dd)
关键词 keywords	;histocompatibility complex class I, MHC-I, immune response, immune system Fab, antibody, anti-MHC antibody, cancer tumor, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.91 Å
零角强度 I(0) i0	130806000.00
分子量 molecular_weight	89742.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111270 Å³
包络体积 envelope_volume	149300 Å³
水化壳体积 shell_volume	37365 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.04 Å
包络 Rg envelope_rg	35.83 Å
形状 Rg shape_rg	35.91 Å
总 Rg total_rg	36.13 Å
总原子数 total_atoms	6326
残基数 n_residues	814
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	130800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8288
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.542
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.744; Smooth: 0.874

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
分子量 formula_weight	31819.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6384

SHSLRYFVTAVSRPGFGEPRYMEVGYVDNTEFVRFDSDAENPRYEPRARWIEQEGPEYWERETRRAKGNEQSFRVDLRTALRYYNQSAGGSHTLQWMAGCDVESDGRLLRGYWQFAYDGCDYIALNEDLKTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAERDRAYLEGECVEWLRRYLKNGNATLLRTDPPKAHVTHHRRPEGDVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQEMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQKYTCHVEHEGLPEPLTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11894.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

YAIQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Fab.S19.8 Heavy Chain
分子量 formula_weight	23467.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

VQLQQSGPVLVKPGASVKMSCKASGYTFTDHYMNWVKQSPGKSLEWIGGINPYNGGISYNQKFKGMATLTADKSSSTAYMELNSLTSEDSAVYYCVRRIGYYPSYFFDYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 4 polymer

描述 description	Fab.S19.8 Light Chain
分子量 formula_weight	23616.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

STTVTQSPASLSVATGEKVTIRCITSTDIDDNMNWYQQKPGEPPKLLISEGNTLRPGVPSRFSSSGFGTDFVFTIENTLSEDFADYYCLQSDDMPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 5 polymer

描述 description	Transmembrane protein gp41
分子量 formula_weight	1075.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

RGPGRAFVTI

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.901 Å
晶胞边长 b length_b	183.181 Å
晶胞边长 c length_c	216.715 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	54.180 Å
R 因子 r_factor	0.1897
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2396

fit	/app/data/saxs_computation/tq/8tq9/8tq9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tq/8tq9/8tq9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tq/8tq9/8tq9.dat

Crystal structure of Fab.S19.8 in complex with MHC-I (H2-Dd)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)