8tsk

;Structure of human LIAS in the presence of 5'-deoxyadenosine and octanoyl-modified peptide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tsk
沉积日期 deposition_date	2023-08-11
结构标题 title	;Structure of human LIAS in the presence of 5'-deoxyadenosine and octanoyl-modified peptide ;
关键词 keywords	Lipoyl synthase, LIAS, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.03 Å
零角强度 I(0) i0	77361900.00
分子量 molecular_weight	66957.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82942 Å³
包络体积 envelope_volume	100100 Å³
水化壳体积 shell_volume	30719 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.54 Å
包络 Rg envelope_rg	27.09 Å
形状 Rg shape_rg	27.17 Å
总 Rg total_rg	27.35 Å
总原子数 total_atoms	4631
残基数 n_residues	579
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8748
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.995

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Lipoyl synthase, mitochondrial
分子量 formula_weight	41515.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5298

MSLRCGDAARTLGPRVFGRYFCSPVRPLSSLPDKKKELLQNGPDLQDFVSGDLADRSTWDEYKGNLKRQKGERLRLPPWLKTEIPMGKNYNKLKNTLRNLNLHTVCEEARCPNIGECWGGGEYATATATIMLMGDTCTRGCRFCSVKTARNPPPLDASEPYNTAKAIAEWGLDYVVLTSVDRDDMPDGGAEHIAKTVSYLKERNPKILVECLTPDFRGDLKAIEKVALSGLDVYAHNVETVPELQSKVRDPRANFDQSLRVLKHAKKVQPDVISKTSIMLGLGENDEQVYATMKALREADVDCLTLGQYMQPTRRHLKVEEYITPEKFKYWEKVGNELGFHYTASGPLVRSSYKAGEFFLKNLVAKRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 2 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	METHIONINE
分子量 formula_weight	149.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	5'-DEOXYADENOSINE
分子量 formula_weight	251.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)
分子量 formula_weight	144.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	620

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	48.536 Å
晶胞边长 b length_b	69.025 Å
晶胞边长 c length_c	93.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.580 Å
最低分辨率 resolution_low	27.770 Å
R 因子 r_factor	0.1788
R_work r_work	0.1778
R_free r_free	0.2109

fit	/app/data/saxs_computation/ts/8tsk/8tsk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ts/8tsk/8tsk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ts/8tsk/8tsk.dat