8ttz

Crystal structure of monkey TLR7 ectodomain with compound 20

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ttz
沉积日期 deposition_date	2023-08-15
结构标题 title	Crystal structure of monkey TLR7 ectodomain with compound 20
关键词 keywords	Toll-like receptor 7, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.09 Å
零角强度 I(0) i0	509920000.00
分子量 molecular_weight	184950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	232020 Å³
包络体积 envelope_volume	310840 Å³
水化壳体积 shell_volume	66164 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.69 Å
包络 Rg envelope_rg	37.12 Å
形状 Rg shape_rg	38.08 Å
总 Rg total_rg	38.56 Å
总原子数 total_atoms	13041
残基数 n_residues	1544
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	510000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8734
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.207
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	146200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.694

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Toll-like receptor 7
分子量 formula_weight	94014.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13077

RSPWARWFPKTLPCDVTLDVSKNHVIVDCTDKHLTEIPGGIPTNTTNLTLTINHIPDISPASFHRLVHLVEIDFRCNCVPIRLGSKSNMCPRRLQIKPRSFSGLTYLKSLYLDGNQLLEIPQGLPPSLQLLSLEANNIFSIRKEQLTELANIEILYLGQNCYYRNPCYVSYSIEKDAFLNLTKLKVLSLKDNNVTTVPTVLPSTLTELYLYNNMIAEIQEDDFNNLNQLQILDLSGNCPRCYNAPFPCTPCKNNSPLQIPVNAFDALTELKVLRLHSNSLQHVPPRWFKNINNLQELDLSQNFLAKEIGDAKFLHFLPNLIQLDLSFNFELQVYRASMNLSQAFSSLKSLKILRIRGYVFKELKSFQLSPLHNLQNLEVLDLGTNFIKIANLSMFKQFKRLKVIDLSVNKISPSGDSSEVGFCSNARTSVESYEPQVLEQLYYFRYDKYARSCRFKNKEASFTSVQESCYKYGQTLDLSKNSIFFIKSSDFQHLSFLKCLNLSGNLISQTLNGSEFQPLAELRYLDFSNNRLDLLHSTAFEELRKLEVLDISSNSHYFQSEGITHMLNFTKNLKVLQKLMMNDNDISSSTSRTMESESLRTLEFRGNHLDVLWRDGDNRYLQLFKNLLKLEELDISKNSLSFLPSGVFDGMPPNLKNLSLAKNGLKSFIWEKLRYLKNLETLDLSHNQLTTVPERLSNCSRSLKNLILKNNQIRSLTKYFLQDAFQLRYLDLSSNKIQMIQKTSFPENVLNNLKMLLLHHNRFLCTCDAVWFVWWVQHTEVTIPYLATDVTCVGPGAHKGQSVISLDLYTCELDLTN

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

Entity 5 non-polymer

描述 description	(3S)-3-({5-amino-1-[(2-methoxy-4-{[(oxan-4-yl)amino]methyl}phenyl)methyl]-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-7-yl}amino)hexan-1-ol
分子量 formula_weight	483.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.805 Å
晶胞边长 b length_b	138.691 Å
晶胞边长 c length_c	148.671 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.140 Å
最低分辨率 resolution_low	41.800 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/tt/8ttz/8ttz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tt/8ttz/8ttz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tt/8ttz/8ttz.dat