8tun

S. thermodepolymerans KpsM-KpsE in Glycolipid 1 state with rigid body fitted KpsT

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 152.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tun
沉积日期 deposition_date	2023-08-16
结构标题 title	S. thermodepolymerans KpsM-KpsE in Glycolipid 1 state with rigid body fitted KpsT
关键词 keywords	ABC transporter, Capsular polysaccharide, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.45 Å
零角强度 I(0) i0	1282980000.00
分子量 molecular_weight	312580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	397600 Å³
包络体积 envelope_volume	620110 Å³
水化壳体积 shell_volume	104570 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.0 Å
壳层 Rg shell_rg	56.36 Å
包络 Rg envelope_rg	45.53 Å
形状 Rg shape_rg	47.47 Å
总 Rg total_rg	47.72 Å
总原子数 total_atoms	22046
残基数 n_residues	2725
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.2 Å
Rg (实空间) rg_real	48.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1284000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8841
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.050
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.504
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	142000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.864

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	ABC transporter ATP-binding protein
分子量 formula_weight	26224.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	22046

MIELRNLTKWYPTPHGRRYVFRNLNFRFPDDVSIGLIGRNGAGKSTLMRLLGGIEAPNEGEVVTDVSISWPVGLSGGFQGSLTARENVKFVCRIYGTSHEDMLRKVRFVEEFAEIGEHFDLPMKTYSSGMRSRVAFGLSMAFDFDYYLIDEAMAVGDAQFRAKSRAVFDSRVGQANMILVSHNMNDIKEYCDVVVLVDQGQATLYEDVEAGIAAYQGSLKKAAAKPDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Caldimonas thermodepolymerans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	215580
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Transport permease protein
分子量 formula_weight	30801.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MGKIHLAVSERSPRVKRSPWQIQQAVLFALFLRELKTRLGGRWLGVFWVLLEPVAHIAVMTTLFSLAHRAAMPSIEYPVFLITGLIPFFMFRGLVTRLMEAIDSNRGLFAYRQVKPIDTVIARAMLEISLQSIVYLIALGTLGWLGFHFLPVRALELAGVSAVLIMLGASLGLFFAVVTNEIPQARAIVRISLLPLYFVSGVIFPVHTIPPQYLPLLQLNPVLHLIELSRASFFPQYRVLQGINLAYPAGFALLSLFLALMLYRLRRHQLASVV

来源 Source

来源生物 organism	Caldimonas thermodepolymerans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	215580
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Capsular biosynthesis protein
分子量 formula_weight	44057.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,I,J,K,L

MGKIHMKLVSRLTAKRLQWALVYLPMLVATVYFLVFSADRYVSESVITVRQTSSNAPTGGMSGAALLLAGLTPASREDTCYLQTYIHSMGLLQKLDQQLKLREHFGTPLRDPLFRLWGGTSQEWFLEYYRSRVEVLMDDICGLLTVRVQGFEPEFAQALNRAILEESERFVNELSHRMAREQGQFAEAELERATARLQEAKRQLIAFQAKHKLLDPLAQAQATGTLTAELQAALTRQEAELRNALTYLNEDSYQVKALRSQINALRQQIDEERLRATAGKNGDRINAVAAEFHDLQLQVGFAEDAYKLALAAVESARIEATRKLKSLVVVEPPVLPEIAEYPRRWYNLATLLVVCCLIYGVVSLVVATIRDHQDGSGSGSHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Caldimonas thermodepolymerans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	215580
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(2R,5S,8S)-2,5-dihydroxy-5,10-dioxo-8-[(undecanoyloxy)methyl]-4,6,9-trioxa-5lambda~5~-phosphahenicosan-1-yl 3-deoxy-alpha-L-altro-oct-2-ulopyranosidonic acid ;
分子量 formula_weight	816.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	79301

fit	/app/data/saxs_computation/tu/8tun/8tun.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tu/8tun/8tun.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tu/8tun/8tun.dat

S. thermodepolymerans KpsM-KpsE in Glycolipid 1 state with rigid body fitted KpsT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)