SAXSdb — 8tv2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tv2
沉积日期 deposition_date	2023-08-17
结构标题 title	Structure of apo FabS1C_L1
关键词 keywords	Cell signalling, antibody, agonist, high affinity, clustering, activation, SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, IMMUNE SYSTEM; SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.73 Å
零角强度 I(0) i0	134593000.00
分子量 molecular_weight	92484.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114920 Å³
包络体积 envelope_volume	156720 Å³
水化壳体积 shell_volume	35860 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.16 Å
包络 Rg envelope_rg	40.95 Å
形状 Rg shape_rg	40.67 Å
总 Rg total_rg	40.89 Å
总原子数 total_atoms	6512
残基数 n_residues	876
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	134500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7490
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.617
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.536; Smooth: 0.149

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	S1C variant of Fab_L1 heavy chain
分子量 formula_weight	25257.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A
原子数 atom_count	6551

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTISSSYIHWVRQAPGKGLEWVASISSYYGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSHYSVWWGWHSVSYYAAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	S1C variant of Fab_L1 light chain
分子量 formula_weight	22858.3 kDa
突变 mutation	SPHAGLSSP replaced by QGTTS; Q165S, K167Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGSAPFTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVSWYVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.259 Å
晶胞边长 b length_b	74.259 Å
晶胞边长 c length_c	370.837 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	64.310 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2473

fit	/app/data/saxs_computation/tv/8tv2/8tv2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tv/8tv2/8tv2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tv/8tv2/8tv2.dat

Structure of apo FabS1C_L1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)