8tv9

Inner Mat-T4P complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 221.9 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tv9
沉积日期 deposition_date	2023-08-17
结构标题 title	Inner Mat-T4P complex
关键词 keywords	Acinetobacter, SsRNA phage virus, T4P, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.84 Å
零角强度 I(0) i0	1421380000.00
分子量 molecular_weight	321030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	404570 Å³
包络体积 envelope_volume	594280 Å³
水化壳体积 shell_volume	81924 Å³
包络直径 envelope_diameter	256.3 Å
壳层 Rg shell_rg	54.38 Å
包络 Rg envelope_rg	72.55 Å
形状 Rg shape_rg	69.82 Å
总 Rg total_rg	69.54 Å
总原子数 total_atoms	22502
残基数 n_residues	3036
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	221.9 Å
Rg (实空间) rg_real	68.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1414000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4890
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.586
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0009
最高正则化参数 α highest_alpha	124700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.537; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.533; Smooth: 0.101

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Maturation protein
分子量 formula_weight	61063.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a
原子数 atom_count	22502

MNMYKWVPESIRDSGEGQPSYSNNGDYAPSGPWVAAGIHTMPQSLRDSMRNSIMVTAQARRDVIGPEWGPDGRFTGYASVIGTPDPKPADIVNKFTVERRPVSNGNFQQRVKAGDIVVAPYTSDGKITVKLVAGQKDISSTPDYDYRIDSSLASSAGFVVAGERWYYTKRHFIIPRYFQNWRMRRRKYVTGWVMPTFYSPKEIFNRLKDSLVPDTGLVTQVWADNNTKRMDFLTAMAEIPQTLSSFLDALGYLGSLIKDFKRRRFFLNKAHQRIRNKLGVSFAERRSQIVSKYDRKIASARKPAIIVKLRQRKEKALKALDKMRVREEKKMIREFATQAASLWLSFRYEIMPLYYQSQDVLDVIANSTSEFMTSRDFVAKAINIGIPLEWNLDQENLVSQPRHNVMVKSKLSPENNIGKTLSVNPFTTAWELLTLSFVVDWFVNFGDVIAGFTGGYSDDSGATASWRFDDKKVFHLKNIPSAMVIVDINFYTRQVIDPRLCGGLAFSPKLNLFRYLDAMSLSWNRSRLKISRAT

Entity 2 polymer

描述 description	Fimbrial protein
分子量 formula_weight	7470.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO,AP,AQ,AR

TLIELMIVVAIIGILAAIAIPQYQNYIAKSQVSRVMSETGSLKTVIETCILDGKTAANCELGWTNSNLLG

Entity 3 polymer

描述 description	Fimbrial protein
分子量 formula_weight	6999.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AS,AT,AU,AV,AW,AX,AY,AZ,BA,BB,BC,BD,BE,BF,BG,BH,BI,BJ

STAAVTGQTGLTITYPASATESAAIQGTFGNSAAIKIKNQTLTWTRTPEGAWSCATTVEAKFKPAGCAS

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	8.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16000

fit	/app/data/saxs_computation/tv/8tv9/8tv9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tv/8tv9/8tv9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tv/8tv9/8tv9.dat

Inner Mat-T4P complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)