SAXSdb — 8tvd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tvd
沉积日期 deposition_date	2023-08-18
结构标题 title	Fab 221-11 in complex with OspA
关键词 keywords	monoclonal antibody, IMMUNE SYSTEM, IMMUNE SYSTEM-Membrane Protein complex; IMMUNE SYSTEM/Membrane Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.08 Å
零角强度 I(0) i0	312006000.00
分子量 molecular_weight	143430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	179340 Å³
包络体积 envelope_volume	264600 Å³
水化壳体积 shell_volume	53432 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.15 Å
包络 Rg envelope_rg	40.03 Å
形状 Rg shape_rg	41.04 Å
总 Rg total_rg	41.55 Å
总原子数 total_atoms	10084
残基数 n_residues	1322
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.3 Å
Rg (实空间) rg_real	41.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	312000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6602
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.248
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.575

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Light chain of Fab 221-11
分子量 formula_weight	22921.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,A
原子数 atom_count	10103

AIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGFSSALAWYQQKPGKAPKLLIYDASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFNSYPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of Fab 221-11
分子量 formula_weight	23803.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,B

EVQLVQSGAEVKKPGESLKISCQSSGYRFTIYWIGWVRQMPGKGLEWMGIIWPGDSDTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCVRGIGRYSNWFLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Outer surface protein A
分子量 formula_weight	26821.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C

LDEKNSVSVDLPGEMKVLVSKEKNKDGKYDLIATVDKLELKGTSDKNNGSGVLEGVKADKSKVKLTISDDLGQTTLEVFKEDGKTLVSKKVTSKDKSSTEEKFNEKGEVSEKIITRADGTRLEYTGIKSDGSGKAKEVLKGYVLEGTLTAEKTTLVVKEGTVTLSKNISKSGEVSVELNDTDSSAATKKTAAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTKENTITVQQYDSNGTKLEGSAVEITKLDEIKNAL

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi B31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224326
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.812 Å
晶胞边长 b length_b	107.812 Å
晶胞边长 c length_c	316.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.077 Å
最低分辨率 resolution_low	48.732 Å
R 因子 r_factor	0.2369
R_work r_work	0.2343
R_free r_free	0.2860

fit	/app/data/saxs_computation/tv/8tvd/8tvd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tv/8tvd/8tvd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tv/8tvd/8tvd.dat

Fab 221-11 in complex with OspA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)