8txn

Adaptive mechanism of collagen IV scaffold assembly in Drosophila: crystal structure of recombinant NC1 hexamer

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8txn
沉积日期 deposition_date	2023-08-23
结构标题 title	Adaptive mechanism of collagen IV scaffold assembly in Drosophila: crystal structure of recombinant NC1 hexamer
关键词 keywords	collagen IV, trimerization domain, hexamer assembly, basement membrane, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.96 Å
零角强度 I(0) i0	394770000.00
分子量 molecular_weight	151570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186070 Å³
包络体积 envelope_volume	214560 Å³
水化壳体积 shell_volume	55331 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.2 Å
壳层 Rg shell_rg	40.05 Å
包络 Rg envelope_rg	30.02 Å
形状 Rg shape_rg	29.92 Å
总 Rg total_rg	30.83 Å
总原子数 total_atoms	10578
残基数 n_residues	1350
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9480e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	394800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8918
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.155
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	230400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.924

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Collagen alpha-1(IV) chain, Collagen IV - chain Viking, Collagen alpha-1(IV) chain
分子量 formula_weight	79694.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	11574

APLADYKDDDDKLASTLDYLTGILITRHSQSETVPACSAGHTELWTGYSLLYVDGNDYAHNQDLGSPGSCVPRFSTLPVLSCGQNNVCNYASRNDKTFWLTTNAAIPMMPVENIEIRQYISRCVVCEAPANVIAVHSQTIEVPDCPNGWEGLWIGYSFLMHTAVGNGGGGQALQSPGSCLEDFRATPFIECNGAKGTCHFYETMTSFWMYNLESSQPFERPQQQTIKAGERQSHVSRCQVCMKNSSGSSASSGAPKSRGFIFARHSQSVHVPQCPANTNLLWEGYSLSGNVAASRAVGQDLGQSGSCMMRFTTMPYMLCDITNVCHFAQNNDDSLWLSTAEPMPMTMTPIQGRDLMKYISRCVVCETTTRIIALHSQSMSIPDCPGGWEEMWTGYSYFMSTLDNVGGVGQNLVSPGSCLEEFRAQPVIECHGHGRCNYYDALASFWLTVIEEQDQFVQPRQQTLKADFTSKISRCTVCRRRGNGSSASSGLDYLTGILITRHSQSETVPACSAGHTELWTGYSLLYVDGNDYAHNQDLGSPGSCVPRFSTLPVLSCGQNNVCNYASRNDKTFWLTTNAAIPMMPVENIEIRQYISRCVVCEAPANVIAVHSQTIEVPDCPNGWEGLWIGYSFLMHTAVGNGGGGQALQSPGSCLEDFRATPFIECNGAKGTCHFYETMTSFWMYNLESSQPFERPQQQTIKAGERQSHVSRCQVCMKNSSGSGSGS

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	862

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	139.120 Å
晶胞边长 b length_b	139.120 Å
晶胞边长 c length_c	103.381 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	51.690 Å
R 因子 r_factor	0.1420
R_work r_work	0.1416
R_free r_free	0.1644

fit	/app/data/saxs_computation/tx/8txn/8txn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tx/8txn/8txn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tx/8txn/8txn.dat