8tz6

Cryo-EM structure of bovine concentrative nucleoside transporter 3 in complex with PSI-6206

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 118.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tz6
沉积日期 deposition_date	2023-08-26
结构标题 title	Cryo-EM structure of bovine concentrative nucleoside transporter 3 in complex with PSI-6206
关键词 keywords	membrane protein, transporter, nucleoside, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.07 Å
零角强度 I(0) i0	391856000.00
分子量 molecular_weight	180000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	232460 Å³
包络体积 envelope_volume	315560 Å³
水化壳体积 shell_volume	65067 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.5 Å
壳层 Rg shell_rg	47.11 Å
包络 Rg envelope_rg	38.77 Å
形状 Rg shape_rg	39.10 Å
总 Rg total_rg	39.45 Å
总原子数 total_atoms	25395
残基数 n_residues	1599
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	391900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7095
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.455
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.9020
最高正则化参数 α highest_alpha	55360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.977; Stabil: 0.923; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.558

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Sodium/nucleoside cotransporter
分子量 formula_weight	79376.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	25398

MDYKDDDDKLEATMAMSSKISVELQRVAALPAQGCSNTGFQNDEDGFENQNPSGNDHSLRNRVVQNREHENGKQVEEHITIGQDSLRKDEEEEDDQETHRKGCLERMCGRMSDFCREHKTTLRYIIWGILIAGYLALVIAACVMNFHRALPLFVITVVAIFFVVWDHLMAKYESQIARFLSPGQRLLDSHWFWLKWVIWGCLILGVILWLVFDTAKLGQQQLVSFGGLIIYTSLTFLFSKHPTKVYWRPVFWGIGLQFLLGLLILRTEPGFMAFDWLGKQVQTFLGYSDAGASFVFGEKYTDHFFAFKVLPIVIFFSTVMSMLYYLGLMQWIIRKVGWVMLVTMGTSPVESVVASGNIFIGQTESPLLVRPYLPYVTKSELHAIMTAGFSTIAGSVLGAYISFGVSSSHLLTASVMSAPAALAISKLFWPETETPKINLKNAMKMESGDSRNLLEAATQGASSSISLVANIAVNLIAFLALLSFMNSALSWLGNMFDYPQLSFEVICSYVFMPFAFMMGVDWQDSFMVAKLIGYKTFFNEFVAYQQLSKLISLRQVGGPKFVDGVQQYMSMRSEAISTYALCGFANFGSLGIVIGGLTSMAPSRKRDITAGAMRALIAGTIACFLTACIAGMLTNTPVDINCHHILENAFNSGLVRNTTNVVSCCQGLLSSAVVKGPGEVIPTGNHSLYSLKNCCNLLNTPTLNCSWIPNVLSNS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	2'-deoxy-2'-fluoro-2'-methyluridine
分子量 formula_weight	260.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.69 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	199596

fit	/app/data/saxs_computation/tz/8tz6/8tz6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tz/8tz6/8tz6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tz/8tz6/8tz6.dat