Crystal structure of 10E8-GT10.2 HIV-1 MPER scaffold in complex with a non-human primate W3-01 Fab

条目编号 entry_id	8tzn
沉积日期 deposition_date	2023-08-27
结构标题 title	Crystal structure of 10E8-GT10.2 HIV-1 MPER scaffold in complex with a non-human primate W3-01 Fab
关键词 keywords	HIV-1, MPER, NHP, 10E8, scaffold, GP41, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.10 Å
零角强度 I(0) i0	165193000.00
分子量 molecular_weight	103100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129160 ų
包络体积 envelope_volume	168830 ų
水化壳体积 shell_volume	42450 ų
包络直径 envelope_diameter	109.9 Å
壳层 Rg shell_rg	39.78 Å
包络 Rg envelope_rg	32.95 Å
形状 Rg shape_rg	33.03 Å
总 Rg total_rg	33.85 Å
总原子数 total_atoms	7279
残基数 n_residues	940
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

最大尺寸 Dmax dmax	107.1 Å
Rg (实空间) rg_real	33.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	165200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9049
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.202
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.546
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.927

晶胞参数 Unit Cell

晶胞边长 a length_a	111.825 Å
晶胞边长 b length_b	111.825 Å
晶胞边长 c length_c	199.609 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

对称性 Symmetry

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	trigonal

精修参数 Refinement

分辨率 resolution	3.110 Å
最低分辨率 resolution_low	39.150 Å
R 因子 r_factor	0.2482
R_work r_work	0.2462
R_free r_free	0.2836

衍射实验 Diffraction

实验温度 temperature

100.0 K

Files (7)

• pr_distribution /app/data/pr_computation/tz/8tzn/pr_distribution.json
• pr_output /app/data/pr_computation/tz/8tzn/8tzn.pr.out
• pr_plot /app/data/visualization/pr_computation/tz/8tzn/8tzn_pr_distribution.png
• saxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/tz/8tzn/8tzn.dat
• saxs_fit /app/data/saxs_computation/tz/8tzn/8tzn.fit
• saxs_log /app/data/saxs_computation/tz/8tzn/8tzn.log
• saxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/tz/8tzn/8tzn_saxs_profile.png

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/tz/8tzn/8tzn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tz/8tzn/8tzn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tz/8tzn/8tzn.dat