8tzu

OC43 S1b domain in complex with WNb 293 and WNb 317

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 139.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tzu
沉积日期 deposition_date	2023-08-27
结构标题 title	OC43 S1b domain in complex with WNb 293 and WNb 317
关键词 keywords	Antibody, SARS-CoV-2 Spike, Complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.34 Å
零角强度 I(0) i0	384982000.00
分子量 molecular_weight	155560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	192180 Å³
包络体积 envelope_volume	271040 Å³
水化壳体积 shell_volume	53745 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.7 Å
壳层 Rg shell_rg	47.54 Å
包络 Rg envelope_rg	41.12 Å
形状 Rg shape_rg	42.29 Å
总 Rg total_rg	42.74 Å
总原子数 total_atoms	10918
残基数 n_residues	1405
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	385000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8902
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.135
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.896

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	29993.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,F
原子数 atom_count	10985

LPNCNIEAWLNDKSVPSPLNWERKTFSNCNFNMSSLMSFIQADSFTCNNIDAAKIYGMCFSSITIDKFAIPNGRKVDLQLGNLGYLQSFNYRIDTTATSCQLYYNLPAANVSVSRFNPSTWNKRFGFIEDSVFKPRPAGVLTNHDVVYAQHCFKAPKNFCPCKLNGSCVGSGPGKNNGIGTCPAGTNYLTCDNLCTPDPITFTGTYKCPQTKSLVGIGEHCSGLAVKSDYCGGNSCTCRPQAFLGWSADSCLQGDKCNIFANFILHDVNSGLTCS

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus OC43
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31631
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	WNb 317
分子量 formula_weight	13183.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,H

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASVRTFSNYAMGWFRQAPGKEREFVAAISWSGDGPYYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAASYLSLNFPDDLRGQGTQVTVSSH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 polymer

描述 description	WNb 293
分子量 formula_weight	13932.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

QVQLQESGGGSVQAGDSLRLSCVASGRTFSSYALGWFRRAPGKEREFVAAISWSGGTTYYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAALWDGGSWYPEGLSDFGSWGQGTQVTVSSHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	67

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.914 Å
晶胞边长 b length_b	150.610 Å
晶胞边长 c length_c	155.111 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.460 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2271
R_free r_free	0.2659

fit	/app/data/saxs_computation/tz/8tzu/8tzu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tz/8tzu/8tzu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tz/8tzu/8tzu.dat

OC43 S1b domain in complex with WNb 293 and WNb 317

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)