8tzy

CryoEM structure of non-neutralizing bivalent antibody CBH-4B in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 147.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tzy
沉积日期 deposition_date	2023-08-28
结构标题 title	CryoEM structure of non-neutralizing bivalent antibody CBH-4B in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2
关键词 keywords	HCV, E2, Fab, antiviral, complex, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.24 Å
零角强度 I(0) i0	160339000.00
分子量 molecular_weight	101100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125320 Å³
包络体积 envelope_volume	202300 Å³
水化壳体积 shell_volume	38730 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.3 Å
壳层 Rg shell_rg	48.09 Å
包络 Rg envelope_rg	43.28 Å
形状 Rg shape_rg	45.21 Å
总 Rg total_rg	45.47 Å
总原子数 total_atoms	13718
残基数 n_residues	978
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.7 Å
Rg (实空间) rg_real	45.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8059
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	63.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.574
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7158000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.818; Smooth: 0.477

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	CBH4B Heavy chain
分子量 formula_weight	27116.4 kDa
突变 mutation	SSAS deletion
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	13718

MDWTWRFLFVVAAATVQSQIQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCRASGGSFGTYGITWVRQAPGQGLEWVGGIVPLFDRPNYAQKFQDRVAITADESTSTAYMELSSLRFDDTAVYYCAREADIVVGGSSYFDSWGQGTLVTVTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTAGWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	CBH4B Light chain
分子量 formula_weight	25359.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

METPAQLLFLLLLWLPTTGESVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSTYVAWYQQKPGQAPRLLIYDASIRATGVPDRFSGGGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGGSPFFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	envelope glycoprotein E2
分子量 formula_weight	32287.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

METDTLLLWVLLLWVPGSTGDSTHVTGGTASHTTRHFASLFSSGASQRVQLINTNGSWHINRTALNCNDSLHTGFLAALFYTHKFNASGCPERMAHCRPIDEFAQGWGPITYAEGHGSDQRPYCWHYAPRQCGTIPASQVCGPVYCFTPSPVVVGTTDRFGAPTYTWGENETDVLILNNTRPPQGNWFGCTWMNSTGFTKTCGGPPCNIGGVGNNTLTCPTDCFRKHPEATYTKCGSGPWLTPRCLVDYPYRLWHYPCTVNFTIFKVRMYVGGVEHRLNAACNIGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis C virus (isolate 1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11104
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	200762

fit	/app/data/saxs_computation/tz/8tzy/8tzy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tz/8tzy/8tzy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tz/8tzy/8tzy.dat

CryoEM structure of non-neutralizing bivalent antibody CBH-4B in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)