8u00

Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein from Caulobacter vibrioides

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u00
沉积日期 deposition_date	2023-08-28
最后修订 last_revision	2023-09-27
结构标题 title	Crystal structure of metallo-beta-lactamase superfamily protein from Caulobacter vibrioides
关键词 keywords	;metallo-beta-lacatamase, antibiotic-resistance, Structural Genomics, Center for Structural Biology of Infectious Diseases, CSBID, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.51 Å
零角强度 I(0) i0	48786300.00
分子量 molecular_weight	53192.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66035 Å³
包络体积 envelope_volume	80550 Å³
水化壳体积 shell_volume	26194 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.41 Å
包络 Rg envelope_rg	26.95 Å
形状 Rg shape_rg	26.48 Å
总 Rg total_rg	27.20 Å
总原子数 total_atoms	3714
残基数 n_residues	484
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.0 Å
Rg (实空间) rg_real	27.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8410
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.449
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.370
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.902

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Metallo-beta-lactamase superfamily protein
分子量 formula_weight	29149.0 kDa
突变 mutation	deletion 1-21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3928

SNADDMPANWTKPTKPYRVVGNIYYVGTEGISSWLITSSEGHVVLDGGPNAETGKLVEHNITALGFQLADVKILINTHAHYDHAGGLAQLKADTGAKLWISRDDAPAMTAGHHIGDNTYGPTPMPAVKSDRSFGDQTKLKLGEIAMVAHLTPGHTIGCTSWTTAVVEKGRPLTVTFPCSLSVAGNVLVGNKTHRTIVADYRASFAKLRAIPTDVMLPAHEEQGNLLAKRQKQLRGDPNAFVDPTELARFVDASEAAFNKELARQQAAGPKR

来源 Source

来源生物 organism	Caulobacter vibrioides CB15
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	190650
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	119

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.341 Å
晶胞边长 b length_b	85.341 Å
晶胞边长 c length_c	78.844 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42
空间群编号 int_tables_number	77
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	24.100 Å
R 因子 r_factor	0.1903
R_work r_work	0.1885
R_free r_free	0.2252

fit	/app/data/saxs_computation/u0/8u00/8u00.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u0/8u00/8u00.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u0/8u00/8u00.dat