8u01

Crystal Structure of the Glycoside Hydrolase Family 2 TIM Barrel-domain Containing Protein from Phocaeicola plebeius

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 113.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u01
沉积日期 deposition_date	2023-08-28
结构标题 title	Crystal Structure of the Glycoside Hydrolase Family 2 TIM Barrel-domain Containing Protein from Phocaeicola plebeius
关键词 keywords	beta galactosidase, TIM barrel Structural Genomics, Midwest Center for Structural Genomics, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.55 Å
零角强度 I(0) i0	181099000.00
分子量 molecular_weight	106280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131790 Å³
包络体积 envelope_volume	159260 Å³
水化壳体积 shell_volume	42263 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.30 Å
包络 Rg envelope_rg	32.22 Å
形状 Rg shape_rg	31.47 Å
总 Rg total_rg	32.30 Å
总原子数 total_atoms	7384
残基数 n_residues	884
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	181100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8477
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.540
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.022
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.707; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycosyl hydrolase family 2, sugar binding domain protein
分子量 formula_weight	104001.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7627

SNAQTDKIDLAGSWTFSTDSMDWSRVIELPGSMASNGFGEDIAVGTDWTGGIVDSSYFFKPSYAKYREAGNIKVPFWLQPVKYYKGKAWYQKEVVIPDSWEGKDISLFLERCHWESRLYIDGKEIGMQNALGAPHRYDLTGKLSAGKHVLMLCVDNRVKNIDPGENSHSISDHTQGNWNGVVGDMFLEVKPEVNVSSVKIMPERLAKKVSVSASLMNRYEKDANVVLEMTVGNEKVQQQCTLKPGENQVMMSLAMKGDIKCWDEFSPSLYDLKLSVKDADSGETDVYAERFGFRDVKVKDGKLTINDRRLFLRGTLDCAVFPKTGFPPTDVESWKKIYTTCRQHGLNHVRFHSWCPPEAAFAAADGMGMYLEIECSSWANQSTTIGDGGDLDRFIWEESERIVREFGNHPSFCMMMYGNEPAGEGSNAYLTNFVTTWKERDARRLYCSGAGWPNLPVNDFLSDSNPRIQAWGQGVKSIINAQAPRTDYDWSEYIGRFQQPMVSHEIGQWCVYPNFKEMAKYDGVMRPRNFEIFQETLAENGMAHLADSFLLASGKLQALCYKADIEAALRTKDFGGFQLLGLSDFPGQGTALVGVLDAFWEEKGYIRPEEYRRFCNSTVPLLRLPKLIYTNQETVKGSLEVAHFGAAPLEVTSTVWTLKTKEGKTIASGTLAHQPVGIGNCIPLGQLEIPLDKVDVPSCLTLEATLGDYANSWHIWVYPAAVQKVADEAQLLMTDRLDAKALQRLQEGGNVLLSLRKGSLPAEAGGEVVIGFSSIFWNTAWTLGQAPHTLGILCNPAHPALSEFPTEYYSDYQWWDAMSHSGAIEVVKIDKNLQPIVRVIDDWFTNRPLALLFEVKVGKGKLLVSGIDFWQDMDKRTEARQLLYSLKKYMCGNRFNPSSEVDAKDLSILFSIKNQK

来源 Source

来源生物 organism	Phocaeicola plebeius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	310297
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	D-tagatose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	189

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	230.110 Å
晶胞边长 b length_b	230.110 Å
晶胞边长 c length_c	230.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	213
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	69.380 Å
R 因子 r_factor	0.1551
R_work r_work	0.1534
R_free r_free	0.1861

fit	/app/data/saxs_computation/u0/8u01/8u01.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u0/8u01/8u01.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u0/8u01/8u01.dat