SAXSdb — 8u04

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u04
沉积日期 deposition_date	2023-08-28
最后修订 last_revision	2025-03-05
结构标题 title	Reductasporine biosynthetic pathway imine reductase RedE, apo
关键词 keywords	indolocarbazole, imine reductase, NADPH-dependent, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.40 Å
零角强度 I(0) i0	225739000.00
分子量 molecular_weight	119150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147120 Å³
包络体积 envelope_volume	193270 Å³
水化壳体积 shell_volume	38978 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.62 Å
包络 Rg envelope_rg	48.21 Å
形状 Rg shape_rg	48.42 Å
总 Rg total_rg	48.09 Å
总原子数 total_atoms	8313
残基数 n_residues	1148
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.6 Å
Rg (实空间) rg_real	48.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	225400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4731
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.634
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.335
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.445; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.044; Positv: 1.000; Valcen: 0.337; Smooth: 0.340

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	RedE
分子量 formula_weight	32778.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9463

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGAKVTVLGLGPMGAALAGAFLAAGHRTTVWNRTPGKGGSLAGEGATEVASAAEAVAASPLVVVCLATYEAVHEVLDPLADELAGRTVVNLTSGSPVHARETANWAQQHGAEYLDGVIMTTPSGIGKPDYLLLYSGSQAAFDGSRGTLCALGEPMNLGTDAAMASVYDTALLGLMWGTLTGWLHGVALMGADGPGGNVTATAFTEVANRWMKTVGVFMNTYAPHVDAGHYPGDEFTLHLHHRTMNILAHASELRGVVSGLPELLTELTGRAITAGHGNDSYARLVEFIRKDGSPI

来源 Source

来源生物 organism	uncultured bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	77133
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	RedE
分子量 formula_weight	32701.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGAKVTVLGLGPMGAALAGAFLAAGHRTTVWNRTPGKGGSLAGEGATEVASAAEAVAASPLVVVCLATYEAVHEVLDPLADELAGRTVVNLTSGSPVHARETANWAQQHGAEYLDGVIMTTPSGIGKPDYLLLYSGSQAAFDGSRGTLCALGEPMNLGTDAAMASVYDTALLGLMWGTLTGWLHGVALMGADGPGGNVTATAFTEVANRWMKTVGVFMNTYAPHVDAGHYPGDEFTLHLHHRTMNILAHASELRGVVSGLPELLTELTGRAITAGHGNDSYARLVEFIRKDGSPI

来源 Source

来源生物 organism	uncultured bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	77133
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1150

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.780 Å
晶胞边长 b length_b	186.720 Å
晶胞边长 c length_c	71.690 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.620 Å
最低分辨率 resolution_low	93.360 Å
R 因子 r_factor	0.1715
R_work r_work	0.1635
R_free r_free	0.2079

fit	/app/data/saxs_computation/u0/8u04/8u04.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u0/8u04/8u04.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u0/8u04/8u04.dat

Reductasporine biosynthetic pathway imine reductase RedE, apo

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)