8u2m

Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 in Complex with Biarylitide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u2m
沉积日期 deposition_date	2023-09-06
最后修订 last_revision	2024-01-10
结构标题 title	Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 in Complex with Biarylitide
关键词 keywords	complex, biarylitide, crosslink, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.53 Å
零角强度 I(0) i0	251936000.00
分子量 molecular_weight	127030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	158690 Å³
包络体积 envelope_volume	201710 Å³
水化壳体积 shell_volume	47403 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.64 Å
包络 Rg envelope_rg	35.16 Å
形状 Rg shape_rg	35.53 Å
总 Rg total_rg	35.96 Å
总原子数 total_atoms	17885
残基数 n_residues	1149
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.7 Å
Rg (实空间) rg_real	35.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	251900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8775
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.351
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.426
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	83080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.695

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome P450-SU1
分子量 formula_weight	45332.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	18649

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMMADEATAAVRDPIYDPLAPSVIADPYPFYRKLRETNTVHWHEFLDSWVVTGYAECRQVLGDTTNFGSDFRRIDVEIPDTQLSVQSLDPPEHGAIRHLLVSALHEQPLSTVRQQFAAIAAQHLAELSGQPGTVDLVSRFARPVALRTITAFLGVPPPDGAGFEQWSNAIVRSMDAGIEPARAEPGNQARAELSRLVTHWLAEADERGFVGAARRAARAQDVPAAVLANSLRAVLHAGYESVSRLLGGVLARLVRHPELLAGPATRDADEALVDELIRLDGPVQADARVCVRDQPVGAQLVRRGDVLVLFIAAANRDPAVFPDPDAVRLTRRRGLHLAFGRGAHACLGAGLATLQLREVLGALRAGGLRLAPAGPAAYEPTATLRGLAELPVSVRQPHRTD

来源 Source

来源生物 organism	Micromonospora sp. MW-13
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2094022
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	MET-ARG-TYR-LEU-HIS
分子量 formula_weight	720.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MRYLH

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	MESO-ERYTHRITOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	trifluoroacetic acid
分子量 formula_weight	114.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	623

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.674 Å
晶胞边长 b length_b	95.607 Å
晶胞边长 c length_c	105.763 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	47.800 Å
R 因子 r_factor	0.2001
R_work r_work	0.1986
R_free r_free	0.2294

fit	/app/data/saxs_computation/u2/8u2m/8u2m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u2/8u2m/8u2m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u2/8u2m/8u2m.dat

Structure of P450Blt from Micromonospora sp. MW-13 in Complex with Biarylitide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)