8u2o

Crystal Structure of Cdk-related protein kinase 6 (PK6) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor TCMDC-123995

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u2o
沉积日期 deposition_date	2023-09-06
最后修订 last_revision	2023-09-27
结构标题 title	Crystal Structure of Cdk-related protein kinase 6 (PK6) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor TCMDC-123995
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Protein kinase 6, inhibitor TCMDC-123995, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.14 Å
零角强度 I(0) i0	64326700.00
分子量 molecular_weight	66206.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84159 Å³
包络体积 envelope_volume	102760 Å³
水化壳体积 shell_volume	29930 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.45 Å
包络 Rg envelope_rg	29.13 Å
形状 Rg shape_rg	29.15 Å
总 Rg total_rg	29.77 Å
总原子数 total_atoms	4656
残基数 n_residues	564
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	64330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8933
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.311
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.647
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.959

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein kinase 6
分子量 formula_weight	35994.6 kDa
突变 mutation	C44N, C53R, C222N, K237A, K86A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4788

GSMNRIDISNFDFLYVIGKGTYGIVYKALDKKENNFVAIKKIINLNDENYGISKRILRELTILQKIKHKNIINLKYVFYGKDIEDKLAGENLENSCLYLAFEYCDIDLFNLIKKHNLNIKEIKYIIFELLLALSYFHSNNYIHRDIKPENIFITSEGEIKLGDLGMSVEKSDHMTPTVVTLWYRAPEILLKSTNYDQKVDIWSLGCLFMELIQGRPLFPGKNDNTQLELIYLLLGDKDALTTVDKERKDMFPYFEINMLKDAIDDEHTLDLISKMLIYDPNYRISSKEALKHPCFQDIEQVKFSYNF

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-[(4P)-2-(4-chloroanilino)-4'-methyl[4,5'-bi-1,3-thiazol]-2'-yl]acetamide
分子量 formula_weight	364.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	132

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.977 Å
晶胞边长 b length_b	46.485 Å
晶胞边长 c length_c	111.278 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	38.650 Å
R 因子 r_factor	0.2212
R_work r_work	0.2181
R_free r_free	0.2815

fit	/app/data/saxs_computation/u2/8u2o/8u2o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u2/8u2o/8u2o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u2/8u2o/8u2o.dat