8u49

The Apo Crystal Structure of BlCel9A from Glycoside Hydrolase Family 9

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u49
沉积日期 deposition_date	2023-09-10
结构标题 title	The Apo Crystal Structure of BlCel9A from Glycoside Hydrolase Family 9
关键词 keywords	Cellulase, GH9, Bacillus licheniformis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.37 Å
零角强度 I(0) i0	80423000.00
分子量 molecular_weight	70007.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86889 Å³
包络体积 envelope_volume	100770 Å³
水化壳体积 shell_volume	30887 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.94 Å
包络 Rg envelope_rg	29.87 Å
形状 Rg shape_rg	29.35 Å
总 Rg total_rg	29.81 Å
总原子数 total_atoms	4960
残基数 n_residues	615
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5367
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.718
峰度 Kurtosis kurtosis	0.078
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.520; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.218; Positv: 1.000; Valcen: 0.761; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Endoglucanase
分子量 formula_weight	69850.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5443

AEEYPHNYAELLQKSLLFYEAQRSGRLPENSRLNWRGDSGLEDGKDVGLDLTGGWYDAGDHVKFGLPMAYSAAILSWSVYEYRDAYKESGQLDAALDNIKWATDYFLKAHTAPYELWGQVGNGALDHAWWGPAEVMPMKRPAYKIDAGCPGSDLAGGTAAALASASIIFKPTDSSYSEKLLAHAKQLYDFADRYRGKYSDCITDAQQYYNSWSGYKDELTWGAVWLYLATEEQQYLDKALASVSDWGDPANWPYRWTLSWDDVTYGAQLLLARLTNDSRFVKSVERNLDYWSTGYSHNGSIERITYTPGGLAWLEQWGSLRYASNAAFLAFVYSDWVDTEKAKRYRDFAVRQTEYMLGDNPQQRSFVVGYGKNPPKHPHHRTAHGSWANQMNVPENHRHTLYGALVGGPGRDDSYRDDITDYASNEVAIDYNAAFTGNVAKMFQLFGKGHVPLPDFPEKETPEDEYFAEASINSSGNSYTEIRAQLNNRSGWPAKKTDQLSFRYYVDLTEAVEAGYSAEDIKVTAGYNEGASVSELKPHDASKHIYYTEVSFSGVLIYPGGQSAHKKEVQFRLSAPDGTSFWNPENDHSYQGLSHALLKTRYIPVYDDGRLVFGHEPGY

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus licheniformis DSM 13 = ATCC 14580
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	279010
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	421

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.571 Å
晶胞边长 b length_b	67.406 Å
晶胞边长 c length_c	100.916 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	125.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	36.870 Å
R 因子 r_factor	0.1743
R_work r_work	0.1726
R_free r_free	0.2067

fit	/app/data/saxs_computation/u4/8u49/8u49.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u4/8u49/8u49.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u4/8u49/8u49.dat