8u6x

ATP-dependent DNA ligase Lig E from Neisseria gonorrhoeae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u6x
沉积日期 deposition_date	2023-09-14
结构标题 title	ATP-dependent DNA ligase Lig E from Neisseria gonorrhoeae
关键词 keywords	enzyme-adenylate, Lig E, LIGASE, LIGASE-DNA complex; LIGASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.24 Å
零角强度 I(0) i0	21854400.00
分子量 molecular_weight	32206.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38885 Å³
包络体积 envelope_volume	48465 Å³
水化壳体积 shell_volume	19211 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.5 Å
壳层 Rg shell_rg	27.79 Å
包络 Rg envelope_rg	22.31 Å
形状 Rg shape_rg	22.19 Å
总 Rg total_rg	23.06 Å
总原子数 total_atoms	4361
残基数 n_residues	259
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8787
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3906000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.889; Smooth: 0.952

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA ligase
分子量 formula_weight	32029.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4403

MSYYHHHHHHLESTSLYKKAGLMADLMLAQEYKGQDIAGWAMSEKLDGVRAYWDGKHLISRQGYAFTPPKGFTAQFPPYPLDGELYSGRGQFEQISATVRSVSSDWRGIRLHVFDVPKAQGNLYQRLAVATQWLKTHPNAPITIIPQIKVRDRRHAMDFLKQIEAQGGEGVMLRQPESRYSGGRSSQLLKLKSQYDDECTVTRHYEGKGRNAGRLGAVGCKNRHGEFRIGSGFKDKDRDNPPKIGTLITYRYRGFTRKGTPKFATFVRVRTDRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria gonorrhoeae MS11
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	528354
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPCPCPGPAPTPAPGPTPGPGPGPGPTPCPGPCPAPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6494.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TTCCGATAGTGGGGTCGCAAT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPGPCPGPAPCPCPCPCPAPCPTPAPTPCPGPGPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6392.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATTGCGACCCCACTATCGGAA

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.398 Å
晶胞边长 b length_b	167.680 Å
晶胞边长 c length_c	51.159 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	48.930 Å
R 因子 r_factor	0.2346
R_work r_work	0.2295
R_free r_free	0.2795

fit	/app/data/saxs_computation/u6/8u6x/8u6x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u6/8u6x/8u6x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u6/8u6x/8u6x.dat

ATP-dependent DNA ligase Lig E from Neisseria gonorrhoeae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)