Crystal structure of malaria transmission-blocking anti-Pfs48/45 antibody RUPA-58.

条目编号 entry_id	8u70
沉积日期 deposition_date	2023-09-14
结构标题 title	Crystal structure of malaria transmission-blocking anti-Pfs48/45 antibody RUPA-58.
关键词 keywords	Pfs48/45, human transmission-blocking antibodies, Malaria, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.87 Å
零角强度 I(0) i0	1213940000.00
分子量 molecular_weight	283240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	351660 ų
包络体积 envelope_volume	514490 ų
水化壳体积 shell_volume	86682 ų
包络直径 envelope_diameter	157.3 Å
壳层 Rg shell_rg	54.41 Å
包络 Rg envelope_rg	47.24 Å
形状 Rg shape_rg	48.86 Å
总 Rg total_rg	49.11 Å
总原子数 total_atoms	19914
残基数 n_residues	2544
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

最大尺寸 Dmax dmax	155.8 Å
Rg (实空间) rg_real	49.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1214000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8925
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.565
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	107600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.806

晶胞参数 Unit Cell

晶胞边长 a length_a	164.513 Å
晶胞边长 b length_b	164.513 Å
晶胞边长 c length_c	92.276 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

对称性 Symmetry

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

精修参数 Refinement

分辨率 resolution	3.090 Å
最低分辨率 resolution_low	29.460 Å
R 因子 r_factor	0.2245
R_work r_work	0.2231
R_free r_free	0.2631

衍射实验 Diffraction

实验温度 temperature

80.0 K

Files (7)

• pr_distribution /app/data/pr_computation/u7/8u70/pr_distribution.json
• pr_output /app/data/pr_computation/u7/8u70/8u70.pr.out
• pr_plot /app/data/visualization/pr_computation/u7/8u70/8u70_pr_distribution.png
• saxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/u7/8u70/8u70.dat
• saxs_fit /app/data/saxs_computation/u7/8u70/8u70.fit
• saxs_log /app/data/saxs_computation/u7/8u70/8u70.log
• saxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/u7/8u70/8u70_saxs_profile.png

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/u7/8u70/8u70.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u7/8u70/8u70.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u7/8u70/8u70.dat