8u7j

Crystal Structure of Staphylococcus aureus PLP synthase complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 184.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u7j
沉积日期 deposition_date	2023-09-15
结构标题 title	Crystal Structure of Staphylococcus aureus PLP synthase complex
关键词 keywords	PLP Synthase complex, Pdx1-Pdx2, Staphylococcus aureus, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.84 Å
零角强度 I(0) i0	4614200000.00
分子量 molecular_weight	566090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	705940 Å³
包络体积 envelope_volume	1028600 Å³
水化壳体积 shell_volume	140780 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.3 Å
壳层 Rg shell_rg	67.03 Å
包络 Rg envelope_rg	55.89 Å
形状 Rg shape_rg	58.90 Å
总 Rg total_rg	58.81 Å
总原子数 total_atoms	39705
残基数 n_residues	5448
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	184.8 Å
Rg (实空间) rg_real	58.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4620000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5835
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	75.3 Å
偏度 Skewness skewness	-0.001
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	133400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.009; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS ;
分子量 formula_weight	32158.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,B,L,K,F,J,C,I,H,D,E
原子数 atom_count	39705

GAMSKIIGSDRVKRGMAEMQKGGVIMDVVNAEQARIAEEAGAVAVMALERVPSDIRAAGGVARMANPKIVEEVMNAVSIPVMAKARIGHITEARVLEAMGVDYIDESEVLTPADEEYHLRKDQFTVPFVCGCRNLGEAARRIGEGAAMLRTKGEPGTGNIVEAVRHMRQVNSEVSRLTVMNDDEIMTFAKDIGAPYEILKQIKDNGRLPVVNFAAGGVATPQDAALMMELGADGVFVGSGIFKSEDPEKFAKAIVQATTHYQDYELIGRLASELGTAMKGLDINQLSLEERMQERGW

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	418127
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxT ;
分子量 formula_weight	20759.9 kDa
突变 mutation	H165N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,N,S,X,R,W,O,M,V,U,P,Q

GAMKIGVLALQGAVREHIRHIELSGHEGIAVKKVEQLEEIEGLILPGGESTTLRRLMNLYGFKEALQNSTLPMFGTCAGLIVLAQDIVGEEGYLNKLNITVQRNSFGRQVDSFETELDIKGIATDIEGVFIRAPHIEKVGQGVDILCKVNEKIVAVQQGKYLGVSFNPELTDDYRVTDYFINHIVKKA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	418127
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLUTAMINE
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.235 Å
晶胞边长 b length_b	132.374 Å
晶胞边长 c length_c	142.097 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	106.49 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.56 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	54.830 Å
R 因子 r_factor	0.2022
R_work r_work	0.1997
R_free r_free	0.2475

fit	/app/data/saxs_computation/u7/8u7j/8u7j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u7/8u7j/8u7j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u7/8u7j/8u7j.dat

Crystal Structure of Staphylococcus aureus PLP synthase complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)