8u80

KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: Local Refinment of KCTD5(BTB)/Cullin3(NTD)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 215.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u80
沉积日期 deposition_date	2023-09-15
结构标题 title	KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: Local Refinment of KCTD5(BTB)/Cullin3(NTD)
关键词 keywords	;cullin family protein, proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process, complex, ubiquitin-dependent protein catabolic process, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.57 Å
零角强度 I(0) i0	1103400000.00
分子量 molecular_weight	274560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	342990 Å³
包络体积 envelope_volume	560670 Å³
水化壳体积 shell_volume	80866 Å³
包络直径 envelope_diameter	246.6 Å
壳层 Rg shell_rg	53.26 Å
包络 Rg envelope_rg	65.51 Å
形状 Rg shape_rg	65.54 Å
总 Rg total_rg	65.31 Å
总原子数 total_atoms	38457
残基数 n_residues	2360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	215.4 Å
Rg (实空间) rg_real	65.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1030e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1101000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6162
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.468
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.150
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	34320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.254

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	BTB/POZ domain-containing protein KCTD5
分子量 formula_weight	26125.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K1,K2,K3,K4,K5
原子数 atom_count	38457

MAENHCELLSPARGGIGAGLGGGLCRRCSAGLGALAQRPGSVSKWVRLNVGGTYFLTTRQTLCRDPKSFLYRLCQADPDLDSDKDETGAYLIDRDPTYFGPVLNYLRHGKLVINKDLAEEGVLEEAEFYNITSLIKLVKDKIRERDSKTSQVPVKHVYRVLQCQEEELTQMVSTMSDGWKFEQLVSIGSSYNYGNEDQAEFLCVVSKELHNTPYGTASEPSEKAKILQERGSRM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Cullin-3
分子量 formula_weight	44535.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C1,C2,C3,C4,C5

MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	64612

fit	/app/data/saxs_computation/u8/8u80/8u80.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u8/8u80/8u80.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u8/8u80/8u80.dat

KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: Local Refinment of KCTD5(BTB)/Cullin3(NTD)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)