8u91

Crystal structure of N-acetylneuraminate lyase (NanA) from Klebsiella aerogenes (Apo, Orthorhombic P form)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 158.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u91
沉积日期 deposition_date	2023-09-18
最后修订 last_revision	2023-09-27
结构标题 title	Crystal structure of N-acetylneuraminate lyase (NanA) from Klebsiella aerogenes (Apo, Orthorhombic P form)
关键词 keywords	SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, N-acetylneuraminate lyase, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.53 Å
零角强度 I(0) i0	551087000.00
分子量 molecular_weight	197450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	248590 Å³
包络体积 envelope_volume	322240 Å³
水化壳体积 shell_volume	59886 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.9 Å
壳层 Rg shell_rg	47.50 Å
包络 Rg envelope_rg	48.29 Å
形状 Rg shape_rg	48.51 Å
总 Rg total_rg	48.55 Å
总原子数 total_atoms	13868
残基数 n_residues	1783
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.7 Å
Rg (实空间) rg_real	48.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	550600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7836
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.595
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.863; Smooth: 0.044

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	N-acetylneuraminate lyase
分子量 formula_weight	33669.5 kDa
突变 mutation	V93A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14661

MAHHHHHHMVSHLRGVMPALLTPFDAQQNIDRASLRRLVRFNIEQGVDGVYVGGSTGEAFVQSLSEREEVLEIVAEEAKGKITLIAHVGCVSTAESQQLAAAAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGIPMVVYNIPALSGVKLTLEQINQLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRRAHPELVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMAWRYLGIVQALKEGDTAKAQQLQHECNKVIDLLVKVGVFRGLKTVLHYMDVLSVPLCRKPFAPVEDKFQAELKALAQQLMQERG

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella aerogenes KCTC 2190
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1028307
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	309

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.101 Å
晶胞边长 b length_b	146.566 Å
晶胞边长 c length_c	216.916 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	47.660 Å
R 因子 r_factor	0.1822
R_work r_work	0.1801
R_free r_free	0.2222

fit	/app/data/saxs_computation/u9/8u91/8u91.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u9/8u91/8u91.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u9/8u91/8u91.dat

Crystal structure of N-acetylneuraminate lyase (NanA) from Klebsiella aerogenes (Apo, Orthorhombic P form)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction