8u9b

Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Apo, P21 Form)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 173.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u9b
沉积日期 deposition_date	2023-09-18
最后修订 last_revision	2023-09-27
结构标题 title	Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Apo, P21 Form)
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, OXIDOREDUCTASE, Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.06 Å
零角强度 I(0) i0	2606240000.00
分子量 molecular_weight	426630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	533260 Å³
包络体积 envelope_volume	682150 Å³
水化壳体积 shell_volume	102520 Å³
包络直径 envelope_diameter	183.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.78 Å
包络 Rg envelope_rg	55.48 Å
形状 Rg shape_rg	56.06 Å
总 Rg total_rg	56.06 Å
总原子数 total_atoms	29988
残基数 n_residues	3923
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.8 Å
Rg (实空间) rg_real	56.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6060e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2604000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8199
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.505
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.406
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	256100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.007

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Betaine aldehyde dehydrogenase
分子量 formula_weight	54062.3 kDa
突变 mutation	V62A, Q485P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	33696

MAHHHHHHHMSRMAEQQLYIHGKFVAATSGKTFETINPATGEVLATVQAAGREDVDRAVKSAQQGQKVWAAMSAMARSRILRKAVDILRERNDELARLETLDTGKPLSETAAVDIVTGADVLEYYAGLIPALEGSQIPLRDSSFVYTRREPLGVVAGIGAWNYPIQIALWKSAPALAAGNAMIFKPSEVTPLTALKLAEIYREAGLPDGVFNVLPGIGAETGQYLTEHPDIAKISFTGGVASGKKVMANSAASSLKEVTMELGGKSPLIIAEDANLDLAADIAMMANFYSSGQVCTNGTRVFVPAKFKAEFEHKILERVGRIRAGDLFADDTNFGPLVSFPHRQNVLRYIESGKSEGARLLCGGDVLKGEGFDNGAWVAPTVFTDCTDDMTIVREEIFGPVMSILSYDDEAEVIRRANATEYGLAAGVVTPDLNRAHRIIHQLEAGICWINSWGESPAEMPVGGYKHSGIGRENGVMTLQSYTQVKSIQVEMGPFQSIF

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella aerogenes KCTC 2190
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1028307
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3506

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.270 Å
晶胞边长 b length_b	161.235 Å
晶胞边长 c length_c	158.708 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.11 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	27.390 Å
R 因子 r_factor	0.1482
R_work r_work	0.1468
R_free r_free	0.1748

fit	/app/data/saxs_computation/u9/8u9b/8u9b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u9/8u9b/8u9b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u9/8u9b/8u9b.dat