8uat

Thermus scotoductus SA-01 Ene-reductase Compound 3b Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 168.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uat
沉积日期 deposition_date	2023-09-22
最后修订 last_revision	2024-07-03
结构标题 title	Thermus scotoductus SA-01 Ene-reductase Compound 3b Complex
关键词 keywords	Oxidoreductase, Complex, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.40 Å
零角强度 I(0) i0	1314800000.00
分子量 molecular_weight	308650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	389580 Å³
包络体积 envelope_volume	507450 Å³
水化壳体积 shell_volume	86110 Å³
包络直径 envelope_diameter	174.8 Å
壳层 Rg shell_rg	52.63 Å
包络 Rg envelope_rg	48.71 Å
形状 Rg shape_rg	49.38 Å
总 Rg total_rg	49.56 Å
总原子数 total_atoms	43507
残基数 n_residues	2794
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	168.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3150e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1315000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8417
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.373
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.135
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	79940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.757

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	NADPH dehydrogenase
分子量 formula_weight	40197.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,G,H,A
原子数 atom_count	43906

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMALLFTPLELGGLRLKNRLAMSPMCQYSATLEGEVTDWHLLHYPTRALGGVGLILVEATAVEPLGRISPYDLGIWSEDHLPGLKELARRIREAGAVPGIQLAHAGRKAGTARPWEGGKPLGWRVVGPSPIPFDEGYPVPEPLDEAGMERILQAFVEGARRALRAGFQVIELHMAHGYLLSSFLSPLSNQRTDAYGGSLENRMRFPLQVAQAVREVVPRELPLFVRVSATDWGEGGWSLEDTLAFARRLKELGVDLLDCSSGGVVLRVRIPLAPGFQVPFADAVRKRVGLRTGAVGLITTPEQAETLLQAGSADLVLLGRVLLRDPYFPLRAAKALGVAPEVPPQYQRGF

来源 Source

来源生物 organism	Thermus scotoductus SA-01
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	743525
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	1-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxamide
分子量 formula_weight	244.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	231

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.852 Å
晶胞边长 b length_b	100.471 Å
晶胞边长 c length_c	100.407 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.80 °
晶胞夹角 β angle_beta	65.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.92 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	48.750 Å
R 因子 r_factor	0.2335
R_work r_work	0.2326
R_free r_free	0.2714

fit	/app/data/saxs_computation/ua/8uat/8uat.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ua/8uat/8uat.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ua/8uat/8uat.dat