8uci

Thermophilic RNA Ligase from Palaeococcus pacificus K238G + AMP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 122.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uci
沉积日期 deposition_date	2023-09-26
结构标题 title	Thermophilic RNA Ligase from Palaeococcus pacificus K238G + AMP
关键词 keywords	RNA ligase, thermophilic, Archaea, Rnl3, nucleotidyl-transferase, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.96 Å
零角强度 I(0) i0	108498000.00
分子量 molecular_weight	87833.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111260 Å³
包络体积 envelope_volume	160460 Å³
水化壳体积 shell_volume	34153 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.1 Å
壳层 Rg shell_rg	45.96 Å
包络 Rg envelope_rg	36.99 Å
形状 Rg shape_rg	38.97 Å
总 Rg total_rg	39.39 Å
总原子数 total_atoms	6202
残基数 n_residues	761
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.0 Å
Rg (实空间) rg_real	39.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	108500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7937
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.136
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.043
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.614; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.804; Smooth: 0.669

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP dependent DNA ligase
分子量 formula_weight	46902.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.3
突变 mutation	K238G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6817

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMMVSSYFKGILLNLGLDEERIEVLENKGGIVEDEFEGMRYLRLKDSARSLRRGTVVFDEHNIILGFPHIKRVVQLENGIRRAFKRKPFYVEEKVDGYNVRVAKIGEKILVFTRGGFVCPFTTERIEDFITLDFFKDYPNMVLCGEMAGPESPYLVEGPPYVKEDIQFFLFDIQEKKTGRSLPVEERLKLAEEYGIPSVEVFGLYDLSRIDELHALIDRLTKEKREGIVMKSPDMKKIVGYVTPYANINDIKIGARIFFDLPHGYFMQRIKRLAFYLAERKIRGEEFDEYARALGKVLLEPFVESIWDISSGDDEIAELFTVRVKKLETAHKMVTHFERLRLKIHIDDIEVLDNGYWRITFKRVYPDATKEMRELWNGHAFVD

来源 Source

来源生物 organism	Palaeococcus pacificus DY20341
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1343739
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	615

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.849 Å
晶胞边长 b length_b	99.722 Å
晶胞边长 c length_c	143.073 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	47.080 Å
R 因子 r_factor	0.2067
R_work r_work	0.2056
R_free r_free	0.2399

fit	/app/data/saxs_computation/uc/8uci/8uci.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uc/8uci/8uci.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uc/8uci/8uci.dat

Thermophilic RNA Ligase from Palaeococcus pacificus K238G + AMP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction