8uco

CryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (9 subunits) in complex with human VMAT2 and Amphetamine

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 123.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uco
沉积日期 deposition_date	2023-09-26
最后修订 last_revision	2024-10-09
结构标题 title	CryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (9 subunits) in complex with human VMAT2 and Amphetamine
关键词 keywords	VMAT, SLC18, vascular monoamine transporter, Cytochrome c oxidase-VMAT2 complex, Amphetamin, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.44 Å
零角强度 I(0) i0	564455000.00
分子量 molecular_weight	214460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	276300 Å³
包络体积 envelope_volume	357230 Å³
水化壳体积 shell_volume	73621 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.87 Å
包络 Rg envelope_rg	38.48 Å
形状 Rg shape_rg	38.44 Å
总 Rg total_rg	38.98 Å
总原子数 total_atoms	15154
残基数 n_residues	1880
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	564600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8975
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.124
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	114600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.896

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

描述 description	Synaptic vesicular amine transporter
分子量 formula_weight	55749.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15154

MALSELALVRWLQESRRSRKLILFIVFLALLLDNMLLTVVVPIIPSYLYSIKHEKNATEIQTARPVHTASISDSFQSIFSYYDNSTMVTGNATRDLTLHQTATQHMVTNASAVPSDCPSEDKDLLNENVQVGLLFASKATVQLITNPFIGLLTNRIGYPIPIFAGFCIMFVSTIMFAFSSSYAFLLIARSLQGIGSSCSSVAGMGMLASVYTDDEERGNVMGIALGGLAMGVLVGPPFGSVLYEFVGKTAPFLVLAALVLLDGAIQLFVLQPSRVQPESQKGTPLTTLLKDPYILIAAGSICFANMGIAMLEPALPIWMMETMCSRKWQLGVAFLPASISYLIGTNIFGILAHKMGRWLCALLGMIIVGVSILCIPFAKNIYGLIAPNFGVGFAIGMVDSSMMPIMGYLVDLRHVSVYGSVYAIADVAFCMGYAIGPSAGGAIAKAIGFPWLMTIIGIIDILFAPLCFFLRSPPAKEEKMAILMDHNCPIKTKMYTQNNIQSYPIGEDEESESD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	58857.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MNYINRWLFSTNAKDIAVLYFIFALFCGLLGSIMSLILRLELSAPGNQILMGNHQLFNVVATAHAVLMVFFLVMPAAIGFFGNYLLPLMIGASDMSFARLNNISFWLLPPALVSLLASALIENGAGTGWTVYPPLAGVQSHSGPSVDLAIFALHLTSISSLLGAINFITTTLNMRTIGMTMSKLPLFVWAVVFTSILLLLSLPVLSAGVTLLLLDRNFNTSFFEPAGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILIIPGFGIISHIVSTYSKKPVFGAIGMVYAMGSIGFLGLLVWSHHMYTVGLDVDSRAYFTSATMVIAVPTGIKIFSWLATLYGGSIRYTTPMLYAFAFLFLFTVGGLSGVVLSNASLDIAFHDTYYVIGHFHYVLSLGAVFSLFAGYYYWSPLITGLYYNNNLANIQFWLLFIGTNVTFFPMHFLGLNGMPRRIPDYPDAFAGWNAISSFGSLISIISVILFAYVIYDQLVNGLTNKQLSTNSLFKNPDFIESNIIFNDNSIKSSSIDFLLTSPPLPHTFNTPAIQS

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	26886.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

DVPTPWGIFFQDSATPNMEGIIELHNNIMFYLVLILTFVSYILYTIIYNYSNATIVHKYMNHGQLIEIVWTTLPAVILLIIAFPSFILLYLCDEVISPAMTIKAIGLQWYWKYEYSDFINDDGEIVEFESYVIPEELLEDGQLRLLDVDASVVVPVDTHIRFIVSSADVIHDFCVPALGVKVDASPGRLNQTSALIQREGVYYGQCSELCGVMHSAMPIKIEAVSLYEFINWLDEQ

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	30561.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MRIQNRENLQLFPFHLVTNSPWPLTTSLALMSLALTLGLTMHGYIGNHLWLFLAISLVLSSIFLWVRDVVIEGTYLGDHTIAVRKGLNIGFMLFVLSEILIFAALFWSYFHSAMGPTIEIGCQWPPVGITSIKPTELPLLNTIILLASGATVTWAHHSILYKDRQGTLVGLFITTLLIILFVGCQVLEYTWATFTIADSVFGSIFYAGTGLHFIHMVMLIVMLAICYARMYFYHFTSNHHLGLETTILYLHVLDIIWLFLYIVFYWWG

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 4
分子量 formula_weight	12970.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

QFKTATSIAEVEGLENLVGPGAKTGTVPTDLEQATGLERYELLGKLEGIEVFDETPLEAVRKGTMKDPILIDSYDDYRYVGCTGVPADSHNIEWLKPTTEKNARCWECGSVYKLNFL

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 5
分子量 formula_weight	14519.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

NATVTNLEKRWEDLPETDQKDIISQLSERQKLPWKDLTLSEKKAAWYISFGEWGPRRPVHTKEDKLYIFWGTVIGIVISATIFGAFRYNRNVPKTMNREWQAASDEYLKSKNAEPFTGYSQIQS

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6
分子量 formula_weight	11851.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

EETYEEFSQRYEKEFDEAYDLFEVQRVLNNCFSYDIVPSPAVIGKALNACRRVNDYATAVRVFEGLKHKVETKEQYDAYLEELKDVREELGIDLKEELFP

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7
分子量 formula_weight	6573.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

TATEKIIELQKFYQSTNKPIYAAHPRSKYYLIPYFGLLGVSVAATLFYTGRACFGIKD

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 8
分子量 formula_weight	5456.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

DVGPYSNLPFKVKNRRVPYAVPHFLFFAIGMGIPFFACYVQLKRSGSI

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 9
分子量 formula_weight	6490.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

SLTRIQGSVKRRILTDISVGLTLGFGFASYWWWGVHKPTVAHRENYYIELAKKKKA

Entity 11 non-polymer

描述 description	(2S)-1-phenylpropan-2-amine
分子量 formula_weight	135.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 16 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	114678

fit	/app/data/saxs_computation/uc/8uco/8uco.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uc/8uco/8uco.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uc/8uco/8uco.dat

CryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (9 subunits) in complex with human VMAT2 and Amphetamine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)