8uen

;Crystal structure of Corynebacterium ulcerans endo-beta-N-acetylglucosaminidase catalytically inactive CU43 D187A-E189A at 2.3 A (P 21 21 2) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uen
沉积日期 deposition_date	2023-10-02
结构标题 title	;Crystal structure of Corynebacterium ulcerans endo-beta-N-acetylglucosaminidase catalytically inactive CU43 D187A-E189A at 2.3 A (P 21 21 2) ;
关键词 keywords	Secreted Endo-beta-N-acetylglucosaminidase, CU43, IgG-specific, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.16 Å
零角强度 I(0) i0	89839200.00
分子量 molecular_weight	74447.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92876 Å³
包络体积 envelope_volume	115800 Å³
水化壳体积 shell_volume	32956 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.32 Å
包络 Rg envelope_rg	29.78 Å
形状 Rg shape_rg	30.15 Å
总 Rg total_rg	30.73 Å
总原子数 total_atoms	5259
残基数 n_residues	669
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	89840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8742
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.412
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.538
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.904

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	202.950 Å
晶胞边长 b length_b	58.762 Å
晶胞边长 c length_c	74.562 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.100 Å
R 因子 r_factor	0.2234
R_work r_work	0.2223
R_free r_free	0.2447

描述 description	Corynebacterial protease CP40
分子量 formula_weight	46107.3 kDa
突变 mutation	D187A, E189A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5517

来源生物 organism	Corynebacterium ulcerans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	65058
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

;Crystal structure of Corynebacterium ulcerans endo-beta-N-acetylglucosaminidase catalytically inactive CU43 D187A-E189A at 2.3 A (P 21 21 2) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	258

fit	/app/data/saxs_computation/ue/8uen/8uen.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ue/8uen/8uen.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ue/8uen/8uen.dat