8ug0

;Crystal structure of de novo designed metal-controlled heterodimer of mutant B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G MCHeT_A + MCHeT_B ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 40.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ug0
沉积日期 deposition_date	2023-10-05
结构标题 title	;Crystal structure of de novo designed metal-controlled heterodimer of mutant B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G MCHeT_A + MCHeT_B ;
关键词 keywords	De Novo, Metal Binding, Heterodimer, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.80 Å
零角强度 I(0) i0	1047050.00
分子量 molecular_weight	6430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	7893 Å³
包络体积 envelope_volume	8716 Å³
水化壳体积 shell_volume	7309 Å³
包络直径 envelope_diameter	37.5 Å
壳层 Rg shell_rg	15.83 Å
包络 Rg envelope_rg	11.15 Å
形状 Rg shape_rg	10.66 Å
总 Rg total_rg	12.48 Å
总原子数 total_atoms	837
残基数 n_residues	56
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	40.4 Å
Rg (实空间) rg_real	12.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0470e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0950e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1047000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8761
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.248
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.249
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	145700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta 1 domain of streptococcal protein G (G beta 1) MCHetA
分子量 formula_weight	6239.0 kDa
突变 mutation	L12R, T16L, V29H, Y33H, N37L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1735

MTYKLILNGKTRKGVLTVEAVDAATAEKHFKQHANDLGVDGEWTYDDATKTFTVTE

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Beta 1 domain of streptococcal protein G (G beta 1) MCHetB
分子量 formula_weight	6201.8 kDa
突变 mutation	L12H, T16L, V29E, Y33E, N37L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTYKLILNGKTHKGVLTVEAVDAATAEKEFKQEANDLGVDGEWTYDDATKTFTVTE

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	71

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.537 Å
晶胞边长 b length_b	69.537 Å
晶胞边长 c length_c	25.688 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.430 Å
最低分辨率 resolution_low	49.170 Å
R 因子 r_factor	0.1499
R_work r_work	0.1467
R_free r_free	0.1783

fit	/app/data/saxs_computation/ug/8ug0/8ug0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ug/8ug0/8ug0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ug/8ug0/8ug0.dat

;Crystal structure of de novo designed metal-controlled heterodimer of mutant B1 immunoglobulin-binding domain of Streptococcal Protein G MCHeT_A + MCHeT_B ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)