8ugf

In-situ complex III, state III

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 177.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ugf
沉积日期 deposition_date	2023-10-05
结构标题 title	In-situ complex III, state III
关键词 keywords	in-situ cryo-EM structure, mammalian, mitochondria, respiratory supercomplex, proton pumping, membrane protein, electron transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.33 Å
零角强度 I(0) i0	3058860000.00
分子量 molecular_weight	476910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	601680 Å³
包络体积 envelope_volume	812510 Å³
水化壳体积 shell_volume	122980 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.9 Å
壳层 Rg shell_rg	59.17 Å
包络 Rg envelope_rg	52.38 Å
形状 Rg shape_rg	53.33 Å
总 Rg total_rg	53.48 Å
总原子数 total_atoms	33540
残基数 n_residues	4111
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.8 Å
Rg (实空间) rg_real	54.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3060000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8189
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	67.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.523
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	332900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	52756.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3A,3N
原子数 atom_count	33551

MAASAVCRVAGTGSRVLLRTCRSPALLRSPALRGTATYAQALQSVPETQVSQLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWIDAGSRYENEKNNGAGYFVEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMGAHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLADIVQNCSLEDSQIEKERDVILQELQENDSSMRDVVFDYLHATAFQGTPLAQSVEGPSENVRKLSRADLTEYVSQHYKAPRMVLAAAGGVEHRQLLDLAQKHFSSLSGTYVEDAVPAFTPCRFTGSEIRHRDDALPLAHVAIAVEGPGWANPDNVPLQVANAIIGHYDSTYGGGTHMSSTLASVAATRKLCQSFQTFNICYAETGLLGAHFVCDNMSIDDMMFFLQGQWMRLCTSATESEVVRGKNILRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREVCSKYFYDQCPAVAGLGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	48262.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3B,3O

MKLITRAGSFSRFYSLKVAPKALASAAPAGVPLQPQDLEFTRLPNGLVIASLENYAPASRIGLFIKAGSRYEDSNNLGTSHLLRLASSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTSTRESMAYTVECLRDDIEILMEFLLNVTAAPEFRRWEVAALQSQLRIDKAVAFQNPQAQVLENLHAAAYRNALANSLYCPDYRIGKVTPDQLHYYVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAERFLNMRGGLGLSGAKAKYRGGEIRDQNGDSLVHAALVAESAATGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGSNATSSLYQAVAKGVHQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQAASAGDVIKSAYDQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSEGFLDEVGSQALVAGSYVQPSTVLQQIDSVADADVINAAKKFVSGRKSMAASGNLGHTPFVDEL

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	42840.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3C,3P

MTNIRKSHPLMKIINNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQILTGLFLAMHYTSDTTTAFSSVTHICRDVNYGWVIRYLHANGASMFFICLFIHVGRGLYYGSYMFLETWNIGVVLLFTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVEWIWGGFSVDKATLTRFFAFHFILPFIITALAAVHLLFLHETGSNNPTGISSDMDKIPFHPYYTIKDILGALFMMLILLILVLFSPDLLGDPDNYTPANPLNTPPHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALVASILILILMPMLHTSKQRSMMFRPLSQCLFWMLVADLITLTWIGGQPVEHPFIIIGQLASILYFLIILVLMPITSIIENNLLKW

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	35359.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3D,3Q

MSAAAAASLRGAVLGPRGAGLPGARARGLLCGPRPGQLPLRTPQALSLSSKSGLSRGRKVILSALGMLAAGGAGLAVALHSAVSATDLELHAPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLVGVCYTEEEAKALAEEVEVQDGPNEDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLSYIVRARHGGEDYVFSLLTGYCEPPTGVSLREGLYFNPYFPGQAIAMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWASEPEHDHRKRMGLKMLMMMGLLLPLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPP

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	29492.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3E,3I,3R,3V

MLSVASRSGPFAPVLSATSRGVAGALRPLVQAALPATSESPVLDAKRSFLCRESLSGQAAGRPLVASVGLNVPASVRYSHTDIRVPDFSDYRRAEVLDSTKSSKESSDARKGFSYLITATTTVGVAYAAKNAVSQFVSSMSASADVLAMSKIEIKLSDIPEGKNMAFKWRGKPLFVRHRTKKEIDQEAAVEVSQLRDPQHDLERVKKPEWVILIGVCTHLGCVPIANAGDFGGYYCPCHGSHYDASGRIRKGPAPLNLEVPTYEFTSDDLVIVG

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	13587.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3F,3S

MASRPAVAASSKWLEGIRKWYYNAAGFNKLGLMRDDTIYEDDDVKEAIRRLPENLYNDRVFRIKRALDLTMRQQILPKEQWTKYEEDKFYLEPYLKEVIRERKEREEWAKK

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	9784.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3G,3T

MGREFGHLTRMRHVITYSLSPFEQRAFPHYFTKGIPNVLRRTRACILRVAPPFVVFYLVYTWGTQEFEKSKRKNPAAYENDK

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
分子量 formula_weight	10685.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3H,3U

MGLEDEQRMLTGSGDPKEEEEEEEELVDPLTTVREQCEQIEKCIKARERLELCDQRVSSRSQTEEDCTEELFDFLHARDHCVAHKLFNSLK

Entity 9 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
分子量 formula_weight	7412.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3J,3W

MAAPTLTARLYSLLFRRTSTFALTIAVGALFFERAFDQGADAIYEHINQGKLWKHIKHKYENKE

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 10
分子量 formula_weight	6560.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3X,3Y

MLSRFLGPRYRELARNWIPTASMWGAVGAVGLVWATDWRLILDWVPYINGKFKKED

Entity 11 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 12 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 13 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 14 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 15 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	60000

fit	/app/data/saxs_computation/ug/8ugf/8ugf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ug/8ugf/8ugf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ug/8ugf/8ugf.dat

In-situ complex III, state III

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)