8ugl

High resolution in-situ structure of complex IV in respiratory supercomplex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 126.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ugl
沉积日期 deposition_date	2023-10-05
结构标题 title	High resolution in-situ structure of complex IV in respiratory supercomplex
关键词 keywords	in-situ cryo-EM structure, mammalian, mitochondria, respiratory supercomplex, proton pumping, membrane protein, electron transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.39 Å
零角强度 I(0) i0	624561000.00
分子量 molecular_weight	228900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	295990 Å³
包络体积 envelope_volume	340460 Å³
水化壳体积 shell_volume	71674 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.08 Å
包络 Rg envelope_rg	37.92 Å
形状 Rg shape_rg	37.38 Å
总 Rg total_rg	37.93 Å
总原子数 total_atoms	16114
残基数 n_residues	1841
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.3 Å
Rg (实空间) rg_real	38.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	624600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8926
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.248
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.426
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	117700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (26)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	56992.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4A
原子数 atom_count	16927

MFVNRWLYSTNHKDIGTLYLLFGAWAGMVGTALSLLIRAELGQPGTLLGDDQIYNVIVTAHAFVMIFFMVMPIMIGGFGNWLVPLMIGAPDMAFPRMNNMSFWLLPPSFLLLLASSMVEAGAGTGWTVYPPLAGNLAHAGASVDLTIFSLHLAGVSSILGAINFITTIINMKPPAMSQYQTPLFVWSVLITAVLLLLSLPVLAAGITMLLTDRNLNTTFFDPAGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGMISHIVTYYSGKKEPFGYMGMVWAMMSIGFLGFIVWAHHMFTVGMDVDTRAYFTSATMIIAIPTGVKVFSWLATLHGGNIKWSPAMLWALGFIFLFTVGGLTGIVLANSSLDIVLHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFAIMGGFVHWFPLFSGYTLNQAWAKIHFVIMFVGVNMTFFPQHFLGLSGMPRRYSDYPDAYTAWNTISSMGSFISLTAVMLMIFIIWEAFASKREVSAVELTSTNLEWLHGCPPPYHTFEEPTYINLK

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	26288.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4B

MAYPFQLGFQDATSPIMEELLHFHDHTLMIVFLISSLVLYIISLMLTTKLTHTSTMDAQEVETIWTILPAIILILIALPSLRILYMMDEINNPALTVKTMGHQWYWSYEYTDYEDLTFDSYMIPTSDLKPGEMRLLEVDNRVVLPMEMTIRMLVSSEDVLHSWAVPSLGLKTDAIPGRLNQTTLMSTRPGLYYGQCSEICGSNHSFMPIVLELVPLKYFEKWSTSMLTG

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	29753.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4C

MTHQTHAYHMVNPSPWPLTGALSALLMTSGLTMWFHFNSMLLLSLGLLTNTLTMYQWWRDIIRESTFQGHHTSVVQKGLRYGMILFIISEVLFFTGFFWAFYHSSLAPTPELGGCWPPTGIHPLNPLEVPLLNTSILLASGVSITWAHHSLMEGDRKHMIQALSITIALGVYFTLLQASEYYEAPFTISDGVYGSTFFVATGFHGLHVIIGSTFLAVCLLRQLKFHFTSNHHFGFEAAAWYWHFVDVVWLFLYVSIYWWGS

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 4
分子量 formula_weight	19670.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4D

MLATRVFNLIGRRAISTSVCVRAHGSVVKSEDYALPVYVDRRDYPLPDVAHVKNLSASQKALKEKEKASWSSLSMDEKVELYRLKFNESFAEMNRSTNEWKTIVGTALFFIGFTALLLIWEKHYVYGPIPHTFEEEWVAKQTKRMLDMKVAPIQGFSAKWDYDKNEWKK

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
分子量 formula_weight	16771.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4E

MLGAAVRRCSVAAAAVARASPRGLLHPTPTPGPAAAIQSIRCYSHGSHETDEEFDARWVTYFNKPDIDAWELRKGMNTLVGYDLVPEPKIIDAALRACRRLNDFASAVRILEVVKDKAGPHKEIYPYVIQELRPTLNELGISTPEELGLDKV

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
分子量 formula_weight	13801.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4F

MASRLLRGAGALAAQTLRARGPNGVAVVRSMASGGGVPTDEEQATGLEREVMMAARKGLDPYNILAPKAASGTKEDPNLVPSITNKRIVGCICEEDNSTVIWFWVHKGETQRCPSCGTHYKLVSHQLAH

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6A2
分子量 formula_weight	10876.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4G

MALPLRSLSRGLASAAKGDHGGTGARTWRFLTFGLALPSVALCTLNSWLHSGHHHRPEFIPYHHLRIRTKPYSWGDGNHTLFHNPRVNPLPTGYEQP

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6B1
分子量 formula_weight	10204.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4H

MAEDIQTKIKNYQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSFCPISWVSAWDDRRAEGTFPGKI

Entity 9 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 6C
分子量 formula_weight	8617.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4I

MATSSLTKPQMRGLLAKRLRFHIVGAFIVSLGVATFYKFAVAEPRKKAYADFYRNYDSMKDFEEMRKAGIFQSAK

Entity 10 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
分子量 formula_weight	9028.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4J

MRALRVSQALVRSFSSTARNRLENRVAEKQKIFQADNDLPVHLKGGATDNILYRVTMTLCLGGTVYSLYCLGWASFPHKK

Entity 11 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7B
分子量 formula_weight	9169.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4K

MFPLAKNALSRLRVRNIQQTMARQNHQKRAPDFHDKYGNAILASGATFCVAVWAYTATQIGIEWNLSPVGRVTPKEWREE

Entity 12 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
分子量 formula_weight	7358.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4L

MLGQSIRRFTTSVVRRSHYEEGPGKNLPFSVENKWRLLAMMTLYFGSGFAAPFFIVRHQLLKK

Entity 13 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 8
分子量 formula_weight	7615.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4M

MLRLAPTVRLLQAPLGGWVVPKAHIYAKPARTPTSPTEQAIGLSVTFLSFLIPAGWVLSHLDHYKRSSAA

Entity 14 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4
分子量 formula_weight	9322.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4N

MLRQIITQAKKHPSLIPLFVFIGAGGTGAALYVTRLALFNPDVCWDRKNNPEPWNKLGPNDQYKFFAVNVDYSKLKKEGPDF

Entity 15 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 16 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 18 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 19 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 20 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 21 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 22 non-polymer

描述 description	(7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	759.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 23 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 24 non-polymer

描述 description	(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE
分子量 formula_weight	768.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 25 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 26 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	804

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	56000

fit	/app/data/saxs_computation/ug/8ugl/8ugl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ug/8ugl/8ugl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ug/8ugl/8ugl.dat

High resolution in-situ structure of complex IV in respiratory supercomplex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (26)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)