8ugo

;Structure of the complex between Human LIAS and H-protein in the presence of 5'-deoxyadenosine ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 129.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ugo
沉积日期 deposition_date	2023-10-05
结构标题 title	;Structure of the complex between Human LIAS and H-protein in the presence of 5'-deoxyadenosine ;
关键词 keywords	Lipoyl synthase, LIAS, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.67 Å
零角强度 I(0) i0	638156000.00
分子量 molecular_weight	135190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129410 Å³
包络体积 envelope_volume	239100 Å³
水化壳体积 shell_volume	53129 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.23 Å
包络 Rg envelope_rg	37.97 Å
形状 Rg shape_rg	38.69 Å
总 Rg total_rg	38.82 Å
总原子数 total_atoms	10106
残基数 n_residues	1265
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	638100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8726
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.417
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.468
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	48600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.891

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Lipoyl synthase, mitochondrial
分子量 formula_weight	41457.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D
原子数 atom_count	10316

MSLRCGDAARTLGPRVFGRYFCSPVRPLSSLPDKKKELLQNGPDLQDFVSGDLADRSTWDEYKGNLKRQKGERLRLPPWLKTEIPMGKNYNKLKNTLRNLNLHTVCEEARCPNIGECWGGGEYATATATIMLMGDTCTRGCRFCSVKTARNPPPLDASEPYNTAKAIAEWGLDYVVLTSVDRDDMPDGGAEHIAKTVSYLKERNPKILVECLTPDFRGDLKAIEKVALSGLDVYAHNVETVPELQSKVRDPRANFDQSLRVLKHAKKVQPDVISKTSIMLGLGENDEQVYATMKALREADVDCLTLGQYMQPTRRHLKVEEYITPEKFKYWEKVGNELGFHYTASGPLVRSSYKAGEFFLKNLVAKRA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 2 polymer

描述 description	Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	18902.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C,F

MALRVVRSVRALLCTLRAVPSPAAPCPPRPWQLGVGAVRTLRTGPALLSVRKFTEKHEWVTTENGIGTVGISNFAQEALGDVVYCSLPEVGTKLNKQDEFGALESVKAASELYSPLSGEVTEINEALAENPGLVNKSCYEDGWLIKMTLSNPSELDELMSEEAYEKYIKSIEE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 3 non-polymer

描述 description	5'-DEOXYADENOSINE
分子量 formula_weight	251.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	METHIONINE
分子量 formula_weight	149.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	6-THIOOCTANOIC ACID
分子量 formula_weight	176.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	NONAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.681 Å
晶胞边长 b length_b	169.209 Å
晶胞边长 c length_c	183.183 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	38.060 Å
R 因子 r_factor	0.1862
R_work r_work	0.1846
R_free r_free	0.2229

fit	/app/data/saxs_computation/ug/8ugo/8ugo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ug/8ugo/8ugo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ug/8ugo/8ugo.dat

;Structure of the complex between Human LIAS and H-protein in the presence of 5'-deoxyadenosine ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)