8ugq

CryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 194.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ugq
沉积日期 deposition_date	2023-10-05
结构标题 title	CryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus
关键词 keywords	Plant, ssDNA, Icosahedron, capsid, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.52 Å
零角强度 I(0) i0	1397820000.00
分子量 molecular_weight	288690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	350980 Å³
包络体积 envelope_volume	585590 Å³
水化壳体积 shell_volume	83956 Å³
包络直径 envelope_diameter	210.2 Å
壳层 Rg shell_rg	59.65 Å
包络 Rg envelope_rg	57.40 Å
形状 Rg shape_rg	59.53 Å
总 Rg total_rg	59.47 Å
总原子数 total_atoms	20222
残基数 n_residues	2447
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	194.8 Å
Rg (实空间) rg_real	59.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1396000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8466
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.667
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	76800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.639

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	26880.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
原子数 atom_count	20222

MSTSKRKRGDDSNWSKRVTKKKPSSAGLKRAGSKADRPSLQIQTLQHAGTTMITVPSGGVCDLINTYARGSDEGNRHTSETLTYKIAIDYHFVADAAACRYSNTGTGVMWLVYDTTPGGQAPTPQTIFAYPDTLKAWPATWKVSRELCHRFVVKRRWLFNMETDGRIGSDIPPSNASWKPCKRNIYFHKFTSGLGVRTQWKNVTDGGVGAIQRGALYMVIAPGNGLTFTAHGQTRLYFKSVGN

来源 Source

来源生物 organism	Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10823
宿主生物 host_organism	Agrobacterium tumefaciens

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPAPAPCPCPCPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2669.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V

CGAACCCCA

来源 Source

来源生物 organism	Maize streak virus genotype A (isolate Nigeria)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10823
宿主生物 host_organism	Agrobacterium tumefaciens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.17 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1408

fit	/app/data/saxs_computation/ug/8ugq/8ugq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ug/8ugq/8ugq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ug/8ugq/8ugq.dat

CryoEM Structure of Maize Streak Virus (MSV) - Geminivirus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)