8ugr

In-situ structure of typeX supercomplex in respiratory chain (composite)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 416.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ugr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ugr
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8ugr
沉积日期 deposition_date2023-10-06
结构标题 titleIn-situ structure of typeX supercomplex in respiratory chain (composite)
关键词 keywordsin-situ cryo-EM structure, mammalian, mitochondria, respiratory supercomplex, proton pumping, membrane protein, electron transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron151.10
零角强度 I(0) i0137568000000.00
分子量 molecular_weight3328200.0 kDa
排除体积 excluded_volume4220600 ų
包络体积 envelope_volume7215300 ų
水化壳体积 shell_volume412290 ų
包络直径 envelope_diameter498.2
壳层 Rg shell_rg121.90
包络 Rg envelope_rg146.90
形状 Rg shape_rg151.00
总 Rg total_rg151.30
总原子数 total_atoms233868
残基数 n_residues28464
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax416.1
Rg (实空间) rg_real145.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.24
I(0) (实空间) i0_real1.3230e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1060e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal119.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal121400000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8932
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary124.8
偏度 Skewness skewness0.373
峰度 Kurtosis kurtosis-0.836
角度范围 angular_range— – 0.0500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9873
最高正则化参数 α highest_alpha2471000000.0000
实空间数据点数 n_real_points11
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.017; Oscil: 0.969; Stabil: 0.982; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.751; Smooth: 0.007

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (91)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)