8ugt

E. eligens beta-glucuronidase bound to UNC10206581-G

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ugt
沉积日期 deposition_date	2023-10-06
结构标题 title	E. eligens beta-glucuronidase bound to UNC10206581-G
关键词 keywords	beta-glucuronidase, inhibitor, glucuronide, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.10 Å
零角强度 I(0) i0	72022400.00
分子量 molecular_weight	65891.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82056 Å³
包络体积 envelope_volume	94569 Å³
水化壳体积 shell_volume	31721 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.40 Å
包络 Rg envelope_rg	24.51 Å
形状 Rg shape_rg	24.10 Å
总 Rg total_rg	24.98 Å
总原子数 total_atoms	4718
残基数 n_residues	580
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9004
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.444
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-glucuronidase
分子量 formula_weight	69835.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4718

SNAMLYPVLTQSRLLSDLSGVWNFKLDNGKGFEEKWYEKPLKDADTMPVPASYNDLKEGTDFRDHYGWVFYQRNISVPEYVKSQRIVLRCAAVTHYAMIYLNGKLICEHKGGFLPFEVELNDDLQDGDNLLTIAVNNVIDYTTLPVGGKANMMSGMMGGMGAGASDKPQNNPNFDFFNYCGITRPVKIYTTPETYINDITVTADIDFTKEEPSAVLNYNVEIKGKDYNNITCKVELFDEEGTKLSETEGSEGTFEISNVRLWQPLNAYLYKIKVTAGQDVYTLPYGVRSVRVDGTKFLINEKPFYFKGYGKHEDTFPNGRGINLPMNTKDISIMKWQHANSFRTSHYPYSEEMMRLCDEEGIVVIDETTAVGVNLQFGGGANFGGERIGTFDKEHGVQTQEHHKDVIRDLISRDKNHACVVMWSIANEPDSAAEGAYDYFKPLYDLARELDPQKRPCTLVSVQGTTADTDCSSQLSDVICLNRYYGWYFGGPDLEVSETGLRKELSDWGKLGKPVMFTEYGADTVSGLHDTTSVMYTEEYQVEYYEMNNKVFDEFDFVVGEQAWNFADFATSQSLLRVQGNKKGLFTRDRKPKMVAHYFRNRWSAIPEFGYKTK

来源 Source

来源生物 organism	Lachnospira eligens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39485
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	8-(4-beta-D-glucopyranuronosylpiperazin-1-yl)-5-(methylamino)-1,2,3,4-tetrahydro[1,2,3]triazino[4',5':4,5]thieno[2,3-c]isoquinoline
分子量 formula_weight	531.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-methyl-8-(piperazin-1-yl)-1,2,3,4-tetrahydro[1,2,3]triazino[4',5':4,5]thieno[2,3-c]isoquinolin-5-amine
分子量 formula_weight	355.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	179.938 Å
晶胞边长 b length_b	179.938 Å
晶胞边长 c length_c	132.792 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	44.980 Å
R 因子 r_factor	0.2401
R_work r_work	0.2386
R_free r_free	0.2673

fit	/app/data/saxs_computation/ug/8ugt/8ugt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ug/8ugt/8ugt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ug/8ugt/8ugt.dat

E. eligens beta-glucuronidase bound to UNC10206581-G

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction