8uh7

Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uh7
沉积日期 deposition_date	2023-10-07
结构标题 title	Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog
关键词 keywords	Clamp loader, T4, AAA+ATPase, REPLICATION, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.77 Å
零角强度 I(0) i0	1966420000.00
分子量 molecular_weight	237090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	225620 Å³
包络体积 envelope_volume	427310 Å³
水化壳体积 shell_volume	83534 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.13 Å
包络 Rg envelope_rg	40.05 Å
形状 Rg shape_rg	40.82 Å
总 Rg total_rg	40.97 Å
总原子数 total_atoms	17766
残基数 n_residues	2168
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.0 Å
Rg (实空间) rg_real	40.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9660e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1967000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8273
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	163600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Sliding-clamp-loader small subunit
分子量 formula_weight	21391.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17800

MSLFKDDIQLNEHQVAWYSKDWTAVQSAADSFKEKAENEFFEIIGAINNKTKCSIAQKDYSKFMVENALSQFPECMPAVYAMNLIGSGLSDEAHFNYLMAAVPRGKRYGKWAKLVEDSTEVLIIKLLAKRYQVNTNDAINYKSILTKNGKLPLVLKELKGLVTDDFLKEVTKNVKEQKQLKKLALEW

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10663
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Sliding-clamp-loader large subunit
分子量 formula_weight	36189.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E

GPGGSMITVNEKEHILEQKYRPSTIDECILPAFDKETFKSITSKGKIPHIILHSPSPGTGKTTVAKALCHDVNADMMFVNGSDCKIDFVRGPLTNFASAASFDGRQKVIVIDEFDRSGLAESQRHLRSFMEAYSSNCSIIITANNIDGIIKPLQSRCRVITFGQPTDEDKIEMMKQMIRRLTEICKHEGIAIADMKVVAALVKKNFPDFRKTIGELDSYSSKGVLDAGILSLVTNDRGAIDDVLESLKNKDVKQLRALAPKYAADYSWFVGKLAEEIYSRVTPQSIIRMYEIVGENNQYHGIAANTELHLAYLFIQLACEMQWK

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10663
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Sliding clamp
分子量 formula_weight	25162.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H

MKLSKDTTALLKNFATINSGIMLKSGQFIMTRAVNGTTYAEANISDVIDFDVAIYDLNGFLGILSLVNDDAEISQSEDGNIKIADARSTIFWPAADPSTVVAPNKPIPFPVASAVTEIKAEDLQQLLRVSRGLQIDTIAITVKEGKIVINGFNKVEDSALTRVKYSLTLGDYDGENTFNFIINMANMKMQPGNYKLLLWAKGKQGAAKFEGEHANYVVALEADSTHDF

来源 Source

来源生物 organism	Tequatrovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10663
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Template DNA strand
分子量 formula_weight	9172.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TTTTTTTTTTTATGTACTCGTAGTGTCTGC

Entity 5 polymer

描述 description	Primer DNA strand
分子量 formula_weight	6136.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

GCAGACACTACGAGTACATA

Entity 6 non-polymer

描述 description	;[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium ;
分子量 formula_weight	492.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.351 Å
晶胞边长 b length_b	118.325 Å
晶胞边长 c length_c	132.882 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.628 Å
最低分辨率 resolution_low	49.649 Å
R 因子 r_factor	0.1952
R_work r_work	0.1934
R_free r_free	0.2445

fit	/app/data/saxs_computation/uh/8uh7/8uh7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uh/8uh7/8uh7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uh/8uh7/8uh7.dat

Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)