8uhe

Structure of the far-red light-absorbing allophycocyanin core expressed during FaRLiP

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 134.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uhe
沉积日期 deposition_date	2023-10-09
结构标题 title	Structure of the far-red light-absorbing allophycocyanin core expressed during FaRLiP
关键词 keywords	light-harvesting, allophycocyanin, phycocyanobilin, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.12 Å
零角强度 I(0) i0	2158000000.00
分子量 molecular_weight	385160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	481310 Å³
包络体积 envelope_volume	593790 Å³
水化壳体积 shell_volume	105840 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.0 Å
壳层 Rg shell_rg	54.01 Å
包络 Rg envelope_rg	42.77 Å
形状 Rg shape_rg	43.09 Å
总 Rg total_rg	43.59 Å
总原子数 total_atoms	27048
残基数 n_residues	3360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.3 Å
Rg (实空间) rg_real	43.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2159000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8874
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.067
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	679400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.884

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	ApcD5
分子量 formula_weight	17837.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,G,M,O,Q
原子数 atom_count	27048

MSLVTELILSADSEARYPAPKELRIFQDFVKTGEQRVRIAKALAANEERIVQNGSQKFWERCPNTPSNSGVDRKTASCQRDQGWYVRLIAYSILAGSERPLEDIGTVGIKEMYNNLEIPIRNIAECMRCLKEEAMAVLSDEDAQEVAAYFDLIIQSLS

Entity 2 polymer

描述 description	ApcB2
分子量 formula_weight	17501.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,L,N,P,R

MQDAITTLINTSDAQGKYLDDSSLDTLQEYFRSGDLRAKAAMTISANASTIVTKTVAKSLLYTDITGPGGNMYTCRRYAACIRDMDFFLRYGTYAMLAGDASILDERVLNGLKETYNSLGVPVGATIRAVQAMKEVVNDMLGAEAGKEVGYYFDHICSGLS

Entity 3 polymer

描述 description	ApcD3
分子量 formula_weight	20339.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSIVKQIISNADEELRYPTPGELEMIRSFCKTGASQIQLAKTLESHAPTIVERGTRKFWQICPRTPSNSGSPRKTEAAQRDMSWYIRLISYCLLAGNDQPLREIGLLGMKELYTNIGIPLDNILQYLRCLKAEAIALLSEAEAEAIIPYFDQIIQELVRPGPSYFGIKDRSARQSARQAAA

Entity 4 polymer

描述 description	ApcD2
分子量 formula_weight	17891.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MSVISQVIATADREVRYLSKGELDAINRFFNNGPQRLRIVSILNSNAEEIVEKGARRFWQRCPITPSNSDNQQFQASCLRDQAWFIRLISYAVAVGDVDPLEASGVRGVREMYLSLEVPLRSVALCMRSLKEVTLAMLSREDAAEVGPYFDYLIAGLMP

Entity 5 polymer

描述 description	ApcF
分子量 formula_weight	18950.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MRDTVTSLISNYDTTGRYLDRDAIDSLQSYFITGANRVKVAAMISANAAEISREAGKKLFEVVPELIRPGGNAYTTRRYAACLRDMDYYLRYSSYALVAGNNDVLMERVLQGLRETYNSLGVPIAPTVQGIQIMKEMVKERASDMGVDDTSFIDQPFDFISREVSEISV

Entity 6 polymer

描述 description	ApcE2
分子量 formula_weight	87252.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MTDRTNGGSPVVHPQQYHTVPTAVINGAHQRDRYPNHSEMQTLSTFLRTGLQRLEIAQTLAQHANEIVAAGGKRIFVGGNPMAYFEQPEELVGMPGSGYFVAEDYLSPKSRRQTGNGHSVQNSSSSITNPVAWLKGLFFSGKPSVPSRFQAINIADYGAVRMKRSMRDLGWFLRYITYAVVAGDTSIITVNTRGLRGIIPEDVTVATTVALQEMQWKSLSFFPVDSAAAALVRRYFDVLIADYQVEKPSDRYRTGVSKHDQGLSFPESYEDSGCAIPRWVMKPTLPDSEKDAVIRAAYRQVFERDISGLGTAELTQPISQLKGEDGSMELFIRQLGKSRLYRQLFYEPYMISRSIELACRHFLGRGLSCMEEFQRYFELVADQGFSALVDALVSSQEYADYFGAETVPYIRGLGIEAQACRNWGPQLDLFKYSAPARKVPQFVTAFASYRQPLPNQHPYGMGNDPLETQFGAIFPHETTNPAAQPVHFSEDSRRILVGHAHRKSHAEISQQIFSLKTLAHKPTKASESLSFFPSSDSRQHSVESVILAAYRQVFGCEVLGSQRHQAAETQLKGGLITVREFVRQLAKSRSFRQAYWENLYMTKAAEIIHRRLLGRPTYGRRETSKYYDICGRQGFYALVDALIDSDDYRTAFGENTVPYERYVTPRGLALRSPKGPVAISKLRDNPHTVGEYMMRYQPPAANISPRSPLNNSASNRQPATARHSDNGALEDRSASSTEPATSKSSVALADPPASDEPAASEDSAISENIEPSMAVALQETSSD

Entity 7 polymer

描述 description	ApcC
分子量 formula_weight	7804.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MRMFRVTACVPSQTRIRTQRELQNTYFTKLVPYDNWFKEQQRIQKMGGTIVKVELATGRRGANTGLA

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 9 non-polymer

描述 description	mesobiliverdin IX(alpha)
分子量 formula_weight	586.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.78 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	113162

fit	/app/data/saxs_computation/uh/8uhe/8uhe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uh/8uhe/8uhe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uh/8uhe/8uhe.dat

Structure of the far-red light-absorbing allophycocyanin core expressed during FaRLiP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)