8uja

T33-fn10 - Designed Tetrahedral Protein Cage Using Fragment-based Hydrogen Bond Networks

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 228.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8uja
沉积日期 deposition_date	2023-10-11
结构标题 title	T33-fn10 - Designed Tetrahedral Protein Cage Using Fragment-based Hydrogen Bond Networks
关键词 keywords	tetrahedral nanoparticle, designed protein, de novo interface, two-component complex, Rosetta, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.96 Å
零角强度 I(0) i0	1312490000.00
分子量 molecular_weight	309130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	389590 Å³
包络体积 envelope_volume	641940 Å³
水化壳体积 shell_volume	78890 Å³
包络直径 envelope_diameter	258.0 Å
壳层 Rg shell_rg	61.09 Å
包络 Rg envelope_rg	71.94 Å
形状 Rg shape_rg	73.95 Å
总 Rg total_rg	73.72 Å
总原子数 total_atoms	21720
残基数 n_residues	2856
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	228.9 Å
Rg (实空间) rg_real	73.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3110e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	70.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1304000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7687
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.483
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.637
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0080
最高正则化参数 α highest_alpha	58620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.700; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.833; Smooth: 0.057

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	T33-fn10: engineered DrsE like sulfur reductase
分子量 formula_weight	12122.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	21720

MKVVVQIKDFDKVPQALQSVLNLFLDLGNAEIEVVLHQSAIKALLLNSPTRSIIEELIKLNILIVGCEHSIRSQNLDHRQLIDGIKIVRSGVGEIVRKQSEGWIYLAL

来源 Source

来源生物 organism	Sulfurisphaera tokodaii str. 7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273063
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	T33-fn10: engineered enoyl-CoA hydratase/isomerase
分子量 formula_weight	27671.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MHHHHHHSGMSLRLERDGAVARLLIDRADRRNAFSLDMWQRLPELLAEASGDDALRVLVVKSANGGAFCAGADIAELLANKDDAAFHLANQQAINRAQYELARFRLPTVAMVEGDCIGGGCGIALACDMRIAAPAARFGITPAKLGLVYPLHDVKLLVDLVGPGQARRLMFTGGLIDANEAHRIGLVELLGESEDALVGQLATVSSFSTQAIKSFVRRVLDGQVADDTLSLCVFASATLGADFREGTGAFLEKRPPVF

来源 Source

来源生物 organism	Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	279238
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	225.630 Å
晶胞边长 b length_b	225.630 Å
晶胞边长 c length_c	225.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	6.000 Å
最低分辨率 resolution_low	92.110 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2145
R_free r_free	0.2481

fit	/app/data/saxs_computation/uj/8uja/8uja.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uj/8uja/8uja.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uj/8uja/8uja.dat

T33-fn10 - Designed Tetrahedral Protein Cage Using Fragment-based Hydrogen Bond Networks

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)