8ukh

Crystal structure of Plasmodium falciparum CelTOS in complex with antibody 4h12

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 251.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ukh
沉积日期 deposition_date	2023-10-13
结构标题 title	Crystal structure of Plasmodium falciparum CelTOS in complex with antibody 4h12
关键词 keywords	transmission-blocking, membrane disruption, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	83.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	86.94 Å
零角强度 I(0) i0	651884000.00
分子量 molecular_weight	209650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	261450 Å³
包络体积 envelope_volume	442150 Å³
水化壳体积 shell_volume	59250 Å³
包络直径 envelope_diameter	315.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.65 Å
包络 Rg envelope_rg	89.30 Å
形状 Rg shape_rg	86.93 Å
总 Rg total_rg	85.87 Å
总原子数 total_atoms	29221
残基数 n_residues	1938
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	251.6 Å
Rg (实空间) rg_real	79.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	75.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	638000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6881
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.525
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.572
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0753
最高正则化参数 α highest_alpha	14160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.225; Stabil: 0.960; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.261; Smooth: 0.728

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cell traversal protein for ookinetes and sporozoites
分子量 formula_weight	18675.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	29232

MGFRGNNGHNSSSSLYNGSQFIEQLNNSFTSAFLESQSMNKIGDDLAETISNELVSVLQKNSPTFLESSFDIKSEVKKHAKSMLKELIKVGLPSFENLVAENVKPPKVDPATYGIIVPVLTSLFNKVETAVGAKVSDEIWNYNSPDVSESEESLSDDFFDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	4h12 heavy chain
分子量 formula_weight	23029.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K

QVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYALSSSWLNWVKQRPGQGLEWIGRIFPGDGDTNYNGKFKGKATLTADKSSSTAYLQLSSLTSVDSAVYFCARGGTVVFDYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 3 polymer

描述 description	4h12 light chain
分子量 formula_weight	23222.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N,O

DIVMTQSHKFMSTSVGDRVNITCKASQDVGIAVAWYQQRPGQSPKLLIYWASKRHTGVHDRFTGTGSGTDFTLTISTVQSEDLADYFCQQYSNSLTFGAGTTLELSRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYACEATHKTSTSPIVKSFNR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.689 Å
晶胞边长 b length_b	59.728 Å
晶胞边长 c length_c	153.445 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	82.07 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	72.27 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.520 Å
最低分辨率 resolution_low	19.860 Å
R 因子 r_factor	0.2690
R_work r_work	0.2676
R_free r_free	0.2935

fit	/app/data/saxs_computation/uk/8ukh/8ukh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uk/8ukh/8ukh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uk/8ukh/8ukh.dat

Crystal structure of Plasmodium falciparum CelTOS in complex with antibody 4h12

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)