8ulf

Crystal structure of Plasmodium vivax CelTOS in complex with antibody 7g7

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 243.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ulf
沉积日期 deposition_date	2023-10-16
结构标题 title	Crystal structure of Plasmodium vivax CelTOS in complex with antibody 7g7
关键词 keywords	Cell-traversal protein, ookinetes, sporozoites, transmission-blocking, membrane disruption, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.41 Å
零角强度 I(0) i0	827312000.00
分子量 molecular_weight	240050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	300480 Å³
包络体积 envelope_volume	465590 Å³
水化壳体积 shell_volume	68435 Å³
包络直径 envelope_diameter	267.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.16 Å
包络 Rg envelope_rg	69.84 Å
形状 Rg shape_rg	69.38 Å
总 Rg total_rg	68.98 Å
总原子数 total_atoms	33061
残基数 n_residues	2208
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	243.4 Å
Rg (实空间) rg_real	68.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	821100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7123
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.788
峰度 Kurtosis kurtosis	0.082
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0067
最高正则化参数 α highest_alpha	33260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.460; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.333; Smooth: 0.547

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Pv cell-traversal protein
分子量 formula_weight	18687.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	33061

MGLRGKSGSTASSSLEGGSEFSERIGNSLSSFLSESASLEVIGNELADNIANEIVSSLQKDSASFLQSGFDVKTQLKATAKKVLVEALKAALEPTEKIVASTIKPPRVSEDAYFLLGPVVKTLFNKVEDVLHKPIPDTIWEYESKGSLEEEEAEDEFSDELLDLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax
通用名 common_name	malaria parasite P. vivax
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5855
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	7g7 heavy chain
分子量 formula_weight	26127.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,J,K

MEWSWIFLFLLSGTTGVHSEIQLQQSGPELVKPGASVKVSCKASGYSFTDYNMYWVKQSHGKSLEWIGYIDPYNGGTRYNQKFRDKATLTVDKSSSTAFMHLNSLTSEDSAVYYCARGYYYGNPLHFDVWGAGTTVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	7g7 light chain
分子量 formula_weight	25786.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N,O

MDFQVQIFSFLLISASVIISRGQIVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYIHWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAATYYCQQWISYPATFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	182.890 Å
晶胞边长 b length_b	78.620 Å
晶胞边长 c length_c	47.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.03 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.88 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	48.000 Å
R 因子 r_factor	0.2783
R_work r_work	0.2752
R_free r_free	0.2954

fit	/app/data/saxs_computation/ul/8ulf/8ulf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ul/8ulf/8ulf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ul/8ulf/8ulf.dat

Crystal structure of Plasmodium vivax CelTOS in complex with antibody 7g7

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)